A phylogenetic and evolutionary analysis of transposable elements in the wolf (Canis lupus, Canidae, Carnivora) genome

This Master’s Dissertation meets the criteria required by in the University of Trás-osMontes and Alto Douro to obtain the Masters of Technologic, Comparative and Molecular Genetics A evolução dos genomas é impulsionada por alterações genéticas e epigenéticas que podem influenciar a organização e reg...

Full description

Bibliographic Details
Main Author: Gaspar, Maria Confraria
Other Authors: Adega, Maria Filomena Lopes, Pereira, Jorge Claúdio da Costa
Format: Master Thesis
Language:English
Published: 2022
Subjects:
Online Access:http://hdl.handle.net/10348/11783
Description
Summary:This Master’s Dissertation meets the criteria required by in the University of Trás-osMontes and Alto Douro to obtain the Masters of Technologic, Comparative and Molecular Genetics A evolução dos genomas é impulsionada por alterações genéticas e epigenéticas que podem influenciar a organização e regulação do genoma tornando-o único para cada espécie. Alguns dos fatores que podem estar envolvidos são os Elementos Transponíveis (TEs), sequências de DNA que se podem mover dentro do genoma e dessa forma, impactar a evolução das espécies. Os Long Interspersed Nuclear Element 1 (LINE-1) são é uma subclasse de retrotransposões, sendo a única que mantém a capacidade de se transpor nos genomas. Utilizando filogenética é possível estudar a evolução dos genomas usando elementos transponíveis. O Canis lupus (Lobo-cinzento) apresenta um cariótipo constituído por 78 cromossomas, organizados em 38 pares de autossomas acrocêntricos e 2 cromossomas sexuais, um X submetacêntrico e um Y acrocêntrico. O Canis lupus é aceite como o ancestral recente do Canis lupus familiaris (cão) que também tem 78 cromossomas. Como na maioria dos eucariotas, ambos os genomas referidos contêm elementos transponíveis. Começámos por estabelecer duas linhas celulares in vitro do Canis lupus lupus, Lobo Europeu, de macho e fêmea, a partir de amostras recolhidas na Estónia. Este material biológico foi utilizado durante o trabalho para obtenção DNA genómico e preparações cromossómicas metafásicas. Os cariótipos de ambas as linhas celulares foram construídos depois dos bandeamentos-G e -C. Seguidamente, os cromossomas sexuais, X e Y foram identificados utilizando painting de cromossomas com sondas do cromossoma X do lobo e do Y do Felis catus. Seguidamente, foi realizada uma análise física e in silico dos TEs LINE-1. Para a análise física, as sequências LINE-1 foram isoladas de DNA genómico de lobo utilizando primers específicos e utilizadas como sondas em FISH (Fluorescence in Situ Hybridization) nos cromossomas de lobo (macho e fêmea). Esta análise foi ...