Development of a duplex ddPCR assay for detection of the endangered European eels in the diet of the invasive European catfish

• Published in: Knowledge & Management of Aquatic Ecosystems
• Main Authors: Castagné, Paul, Martignac, François, Santoul, Frédéric, Blanchet, Simon, Loot, Géraldine
• Other Authors: Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement (CRBE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Pôle OFB-INRAE-Institut Agro-UPPA pour la gestion des migrateurs amphihalins dans leur environnement (MIAME), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Office français de la biodiversité (OFB)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Station d'Ecologie Théorique et Expérimentale (SETE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Agrobiosciences, Interactions et Biodiversité (FR AIB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: English
• Published: CCSD 2024
• Subjects: [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology; environment; Anguilla anguilla; European eel
• Online Access: https://hal.science/hal-04926191; https://doi.org/10.1051/kmae/2024020

International audience Digital droplet PCR (ddPCR) is an emerging and affordable method already applied to different fields and can now be used to enhance the detection of new species using DNA samples. It could be particularly useful for detecting prey DNA in stomach content or faeces of predators, which is often challenging using traditional methods. Here, we develop a ddPCR assay to detect predation events of a native endangered fish species, the European eel ( Anguilla anguilla ) from stomach content of an invasive predator, the catfish ( Silurus glanis ). We demonstrated that this technique presents a very high sensitivity (limit of detection of eel DNA in vitro: 1.5 * 10 −3 ng/μL), a good linearity and reproducibility. Then, ddPCR allowed us to identify the presence of eel DNA in the stomach contents of 7 catfish out of the 32 catfish specimens we analyzed, whereas the traditional morphological identification approach detected only one predation event. This method could contribute to a more precise understanding of trophic interactions between prey and predators.