| Summary: | Les flagelles ont été décrits comme un facteur de virulence important pour l'attachement initial à l'hôte ou à la surface des équipements hospitaliers. Cependant, la question de savoir comment les bactéries utilisent leurs flagelles pour passer d'un état flottant (planctonique) à un état d'attachement immédiat (sessile) reste ouverte. Cette transition implique la mécanodétection flagellaire. Il a été démontré que les méthylations des lysines dans les flagelles de S. Typhimurium facilitent l'adhésion de la bactérie à la surface ou au récepteur par le biais de l'hydrophobicité. Cependant, l'étude de l'ensemble du méthylome, et plus particulièrement la méthylation des protéines autres que des histones, reste un défi majeur en raison de l'absence de techniques efficaces d’enrichissement des protéines/peptides méthylés. Ici, pour étudier la méthylation des protéines et ses mécanismes chez S. Typhimurium et ses mutants, nous avons appliqué deux stratégies complémentaires pour l'enrichissement des protéines méthylées : l’enrichissement sélectif grâce à la sélection d’aptamères spécifiques, et la séparation de protéines/peptides méthylés par la technologie SCXtips à pH élevé. Des aptamères d'ADN spécifiques ont été obtenus après plusieurs cycles de sélection positive et un cycle de sélection négative à partir d'une bibliothèque d'oligonucléotides aléatoires par le biais de la procédure FluMag-SELEX. Plusieurs oligonucléotides issus du dernier tour de sélection ont été séquencés et des redondances de séquence de 10 %, 11 % et 33 % respectivement contre la MML, DML et TML, ont pu être observées. Une caractérisation plus fine de l’interaction entre l'aptamère sélectionné contre le TML et sa cible a été menée par différentes méthodes (ITC, PCR, liaison sur billes suivie d’une quantification par spectrométrie de masse). La spécificité a été confirmée tandis que l'affinité a été déterminée avec un KD=2,48±0,14 mM. Par la suite, nous avons exploité l’aptamère sélectionné en l’immobilisant à la surface de billes magnétiques ...
|
|---|