| Summary: | La diversité génétique contemporaine des virus est le résultat de l'interaction continue et dynamique des processus écologiques et évolutifs passés avec son hôte. Depuis plus de 30 ans des épisodes de mortalités impactent l’industrie ostréicole. Celles-ci ont des étiologies complexes mais sont souvent associées à un Herpèsvirus : l’Ostreid Herpèsvirus 1 (OsHV-1). Depuis 2008 l’apparition d'événements de mortalité sans précédent chez l’espèce Crassostra gigas ont été signalés à l’échelle mondiale. L’apparition de ces surmortalités coïncident avec l'émergence d’un nouveau génotype du virus : l’OsHV-1 µVar. Après plusieurs années de recherche pour comprendre ce pathosystème, il a été démontré récemment qu’un Herpèsvirus : l’Ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) était l’agent initiant la pathogenèse et aboutissant à la mort de l’hôte. En parallèle, l’observation d’autres variants apparentés du virus OsHV-1 ont été associés à d'autres épidémies de mortalité pour d’autres espèces de bivalves. Or jusqu'à récemment, les études sur la diversité génétique du virus utilisent un court fragment du génome du virus. Il est donc urgent de caractériser cette diversité génétique d’OsHV-1 à l’échelle du génome entier. Dans ce manuscrit de thèse nous apportant les outils nécessaire à la caractérisation complète du génome du virus. Nous confirmons que les populations virales d’OsHV-1 sont différentes selon leurs localisation géographique avec de potentiels signatures génomiques entre les sites. Enfin, grâce à l’assemblage complet de vingt et un génomes nous proposons un schéma de dissémination du virus au travers d'analyses d’épidémiologie moléculaire à l’aide d’outils bioinformatique innovants. Nos résultats semblent indiquer que la diversité génétique du virus au sein de l’espèce C. gigas est relativement restreinte. Cette observation semble contraster avec les travaux antérieurs suggérant une diversité génétique importante du virus OsHV-1. Cependant, nous montrons qu’il est nécessaire de mieux définir la diversité au sein d’une espèce ...
|
|---|