| Summary: | Sumarið 2016 voru sýni tekin af hálendi úr jarðvegi sem líkir eftir yfirborði Mars við Nýjadal og Fjórðungsvatn. Úr sýnunum var dregið erfðaefni sem síðar var raðgreint með Illumina Miseq paired end raðgreiningu, með það markmið að greina tegundaröðun og fjölbreytni örverusamfélaga á hálendi Íslands og reyna að draga ályktun um hvaða efnaskiptaferill sé mest lýsandi fyrir örverusamfélög sem fundust á hálendissvæðinu og á prufustað HABIT tækjasamstæðunnar. Greining var gerð úr söfnum (e.libraries) MiSeq raðgagna, nánar tiltekið var unnið með raðgreiningargögn úr v3-v4 svæðum 16s gensins. Við úrvinnslu gagna var notast við QIIME, sem stendur fyrir Quantitative Insights Into Microbial Ecology, til að greina þekju, (e.coverage) tegundarröðun og alpha breytileiki út frá erfðaefni sem dregið var úr sýnunum. Einnig var notast við PICRUSt til að tengja hina ýmsu efnaskiptaferla við örverusamfélögin. Að lokum voru dregnar ályktanir um hvaða efnaskiptaferlar væru ráðandi í örverusamfélögum sem fundust í sýnum og tegundaröðun þeirra borin saman við örverur sem þegar höfðu verið einangraðar úr sömu sýnum, en niðurstöður bentu til þess að alfa fjölbreytileikinn væri meiri í sýninu við Fjórðungsvatn, einnig sem Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria og Cyanobacteria væru mest áberandi fylkingar í báðum sýnum. Proteobacteria fylkingin var sérstaklega skoðuð og kom í ljós að í báðum sýnum var Boesa ættkvíslin áberandi. Með keyrslu í PICRUSt var þess svo freistað að spá fyrir um hvaða efnaskiptaferlar væru ráðandi í örverusamfélögunum og niðurstöður bentu til própanóat- og bútanat efnaskiptaferla. In the summer of 2016 soil samples where collected from Nýjidalur and Fjórðungsvatn in the highlands of Iceland, that in some degree resemble the Mars surface as the site was a part of the ExoMars HABIT project. DNA was isolated from the soil samples and sequenced using next generation high throughput Illumina MiSeq paired end sequencing, using 16s amplicon genetic material form variable regions v3-v4. This was done with a ...
|
|---|