| Summary: | La microbiota intestinal es considerada la comunidad microbiana más diversa del cuerpo y la dieta es uno de los principales factores que afectan su composición. A pesar del importante papel que desempeña esta comunidad en la megafauna, su diversidad en pinnípedos ha sido poco estudiada. El objetivo del presente estudio consistió en la caracterización del microbioma intestinal de cinco colonias de la foca de puerto (Phoca vitulina richardii), ubicadas en Baja California, y su relación con la dieta mediante la secuenciación de la región V4 del gen 16S ARNr y de regiones específicas (16S ADNmt y 18S ARNr) para la detección de presas de la colonia del Estero de Punta Banda. Las librerías se generaron mediante un protocolo de dos pasos de PCR y la secuenciación se realizó en el equipo MiSeq de Illumina®. En el análisis del microbioma se utilizó el software QIIME con la base de datos SILVA 123 como referencia, y en la caracterización de la dieta se realizó un BLASTn con la base de datos de nucleótidos de NCBI. Se utilizó el programa PICRUSt para inferir las funciones que ejerce la microbiota intestinal en la foca de puerto. Los resultados mostraron que los fila de mayor abundancia fueron Firmicutes (42%), Bacteroidetes (37%) y Fusobacteria (14%); la dominancia del filo Firmicutes podría relacionarse con la necesidad que tienen las focas de almacenar grasa para la termorregulación. De 181 géneros identificados, once estuvieron presentes en todas las colonias, los cuales pueden considerarse el grupo núcleo de la microbiota intestinal de la foca de puerto. De éstos, el género Bacteroides presentó una alta abundancia, que es característica de una dieta alta en proteínas. La presencia de miembros de la familia Ruminococcaceae se ha relacionado con dietas altas en grasas poliinsaturadas encontradas en peces que almacenan grasas en el músculo en altas concentraciones. En el análisis funcional no se detectaron componentes relacionados con un alto consumo de invertebrados (p. ej. quitinasas, trehalasas), estos organismos tuvieron un consumo incidental en la colonia del EPB. Además, la mayoría de las colonias presentaron rutas relacionadas con la degradación de contaminantes ambientales persistentes. Los resultados demuestran que el estudio del microbioma intestinal sirve como un indicador de dietas a largo plazo, del estado de salud del organismo, y podría posicionar a la foca de puerto como un centinela ambiental en Baja California.
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