The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox

Som følge av globale endringer i miljø og arealbruk har man sett endringer i økosystemer og ekspansjon i boreale arter. Landskapsgenomikk er et spirende fagfelt som kombinerer økologi og genetikk. I sammenheng med globale endringer, er landskapsgenomikk et kraftig verktøy for å undersøke genetisk st...

Full description

Bibliographic Details
Main Author: Arntsen, Lina Gansmoe
Other Authors: Jensen, Henrik, Hagen, Ingerid J., Eide, Nina E., Miller, Andrea, Madslien, Knut, Flagstad, Øystein, Blumentranth, Stefan
Format: Master Thesis
Language:English
Published: NTNU 2022
Subjects:
Online Access:https://hdl.handle.net/11250/3005212
id ftntnutrondheimi:oai:ntnuopen.ntnu.no:11250/3005212
record_format openpolar
spelling ftntnutrondheimi:oai:ntnuopen.ntnu.no:11250/3005212 2023-05-15T18:42:59+02:00 The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox Arntsen, Lina Gansmoe Jensen, Henrik Hagen, Ingerid J. Eide, Nina E. Miller, Andrea Madslien, Knut Flagstad, Øystein Blumentranth, Stefan 2022 application/pdf https://hdl.handle.net/11250/3005212 eng eng NTNU no.ntnu:inspera:104135638:73040877 https://hdl.handle.net/11250/3005212 Master thesis 2022 ftntnutrondheimi 2022-07-20T22:39:52Z Som følge av globale endringer i miljø og arealbruk har man sett endringer i økosystemer og ekspansjon i boreale arter. Landskapsgenomikk er et spirende fagfelt som kombinerer økologi og genetikk. I sammenheng med globale endringer, er landskapsgenomikk et kraftig verktøy for å undersøke genetisk struktur og genflyt som formes av landskap og miljø. I denne avhandlingen studerte jeg den Skandinaviske rødreven (Vulpes vulpes), gjennom en tilnærming basert på landskapsgenomikk. Rødreven er en viktig generalist-art som har ekspandert lenger nord og høyere opp i fjellet. Den er også høyst relevant for viltforvaltning og folkehelse, for eksempel gjennom konkurranse med den truede fjellreven (Vulpes lagopus), og gjennom sin rolle som bærer av smittsomme sykdommer. Jeg brukte SNP-data fra hele genomet for å undersøke den genetiske strukturen hos Skandinavisk rødrev. I sammenheng med ekspansjon av rødrevens utbredelse, undersøkte jeg også om deler av genomet var assosiert med høyfjells- og nordlige områder. Jeg har vist at rødreven er preget av svak genetisk struktur og begrenset genetisk differensiering i Skandinavia. Dette tydet på en høy grad av genflyt og forflytning av individer på tvers av landskap. Danmark var derimot mer genetisk forskjellig fra resten av Skandinavia, som antakelig kan forklares med at stredene som skiller Danmark fra den Skandinaviske halvøy utgjør en landskapsbarriere for rødreven. I tillegg ble lavere heterozygositet observert i Danmark sammenlignet med Norge og Sverige. Jeg fant signaler fra mulig fylogeografisk struktur, og at nord-til-sør og øst-til-vest gradienter bestemte deler av den genetiske strukturen på den Skandinaviske halvøy. På tross av dette, var Norske og Svenske rødrever svært like genetisk sett. Denne studien viser derfor at rødreven representerer en spredningsvei for sykdommer i Skandinavia. Det var ingen assosiasjon mellom deler av genomet og områder lengre nord og høyere opp i fjellet. Det virker derfor usannsynlig at noen få gener frembringer en fenotype gunstig for slike ... Master Thesis Vulpes lagopus NTNU Open Archive (Norwegian University of Science and Technology)
institution Open Polar
collection NTNU Open Archive (Norwegian University of Science and Technology)
op_collection_id ftntnutrondheimi
language English
description Som følge av globale endringer i miljø og arealbruk har man sett endringer i økosystemer og ekspansjon i boreale arter. Landskapsgenomikk er et spirende fagfelt som kombinerer økologi og genetikk. I sammenheng med globale endringer, er landskapsgenomikk et kraftig verktøy for å undersøke genetisk struktur og genflyt som formes av landskap og miljø. I denne avhandlingen studerte jeg den Skandinaviske rødreven (Vulpes vulpes), gjennom en tilnærming basert på landskapsgenomikk. Rødreven er en viktig generalist-art som har ekspandert lenger nord og høyere opp i fjellet. Den er også høyst relevant for viltforvaltning og folkehelse, for eksempel gjennom konkurranse med den truede fjellreven (Vulpes lagopus), og gjennom sin rolle som bærer av smittsomme sykdommer. Jeg brukte SNP-data fra hele genomet for å undersøke den genetiske strukturen hos Skandinavisk rødrev. I sammenheng med ekspansjon av rødrevens utbredelse, undersøkte jeg også om deler av genomet var assosiert med høyfjells- og nordlige områder. Jeg har vist at rødreven er preget av svak genetisk struktur og begrenset genetisk differensiering i Skandinavia. Dette tydet på en høy grad av genflyt og forflytning av individer på tvers av landskap. Danmark var derimot mer genetisk forskjellig fra resten av Skandinavia, som antakelig kan forklares med at stredene som skiller Danmark fra den Skandinaviske halvøy utgjør en landskapsbarriere for rødreven. I tillegg ble lavere heterozygositet observert i Danmark sammenlignet med Norge og Sverige. Jeg fant signaler fra mulig fylogeografisk struktur, og at nord-til-sør og øst-til-vest gradienter bestemte deler av den genetiske strukturen på den Skandinaviske halvøy. På tross av dette, var Norske og Svenske rødrever svært like genetisk sett. Denne studien viser derfor at rødreven representerer en spredningsvei for sykdommer i Skandinavia. Det var ingen assosiasjon mellom deler av genomet og områder lengre nord og høyere opp i fjellet. Det virker derfor usannsynlig at noen få gener frembringer en fenotype gunstig for slike ...
author2 Jensen, Henrik
Hagen, Ingerid J.
Eide, Nina E.
Miller, Andrea
Madslien, Knut
Flagstad, Øystein
Blumentranth, Stefan
format Master Thesis
author Arntsen, Lina Gansmoe
spellingShingle Arntsen, Lina Gansmoe
The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox
author_facet Arntsen, Lina Gansmoe
author_sort Arntsen, Lina Gansmoe
title The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox
title_short The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox
title_full The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox
title_fullStr The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox
title_full_unstemmed The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox
title_sort landscape genomics of the scandinavian red fox
publisher NTNU
publishDate 2022
url https://hdl.handle.net/11250/3005212
genre Vulpes lagopus
genre_facet Vulpes lagopus
op_relation no.ntnu:inspera:104135638:73040877
https://hdl.handle.net/11250/3005212
_version_ 1766232750802599936