The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox
Som følge av globale endringer i miljø og arealbruk har man sett endringer i økosystemer og ekspansjon i boreale arter. Landskapsgenomikk er et spirende fagfelt som kombinerer økologi og genetikk. I sammenheng med globale endringer, er landskapsgenomikk et kraftig verktøy for å undersøke genetisk st...
Main Author: | |
---|---|
Other Authors: | , , , , , , |
Format: | Master Thesis |
Language: | English |
Published: |
NTNU
2022
|
Subjects: | |
Online Access: | https://hdl.handle.net/11250/3005212 |
id |
ftntnutrondheimi:oai:ntnuopen.ntnu.no:11250/3005212 |
---|---|
record_format |
openpolar |
spelling |
ftntnutrondheimi:oai:ntnuopen.ntnu.no:11250/3005212 2023-05-15T18:42:59+02:00 The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox Arntsen, Lina Gansmoe Jensen, Henrik Hagen, Ingerid J. Eide, Nina E. Miller, Andrea Madslien, Knut Flagstad, Øystein Blumentranth, Stefan 2022 application/pdf https://hdl.handle.net/11250/3005212 eng eng NTNU no.ntnu:inspera:104135638:73040877 https://hdl.handle.net/11250/3005212 Master thesis 2022 ftntnutrondheimi 2022-07-20T22:39:52Z Som følge av globale endringer i miljø og arealbruk har man sett endringer i økosystemer og ekspansjon i boreale arter. Landskapsgenomikk er et spirende fagfelt som kombinerer økologi og genetikk. I sammenheng med globale endringer, er landskapsgenomikk et kraftig verktøy for å undersøke genetisk struktur og genflyt som formes av landskap og miljø. I denne avhandlingen studerte jeg den Skandinaviske rødreven (Vulpes vulpes), gjennom en tilnærming basert på landskapsgenomikk. Rødreven er en viktig generalist-art som har ekspandert lenger nord og høyere opp i fjellet. Den er også høyst relevant for viltforvaltning og folkehelse, for eksempel gjennom konkurranse med den truede fjellreven (Vulpes lagopus), og gjennom sin rolle som bærer av smittsomme sykdommer. Jeg brukte SNP-data fra hele genomet for å undersøke den genetiske strukturen hos Skandinavisk rødrev. I sammenheng med ekspansjon av rødrevens utbredelse, undersøkte jeg også om deler av genomet var assosiert med høyfjells- og nordlige områder. Jeg har vist at rødreven er preget av svak genetisk struktur og begrenset genetisk differensiering i Skandinavia. Dette tydet på en høy grad av genflyt og forflytning av individer på tvers av landskap. Danmark var derimot mer genetisk forskjellig fra resten av Skandinavia, som antakelig kan forklares med at stredene som skiller Danmark fra den Skandinaviske halvøy utgjør en landskapsbarriere for rødreven. I tillegg ble lavere heterozygositet observert i Danmark sammenlignet med Norge og Sverige. Jeg fant signaler fra mulig fylogeografisk struktur, og at nord-til-sør og øst-til-vest gradienter bestemte deler av den genetiske strukturen på den Skandinaviske halvøy. På tross av dette, var Norske og Svenske rødrever svært like genetisk sett. Denne studien viser derfor at rødreven representerer en spredningsvei for sykdommer i Skandinavia. Det var ingen assosiasjon mellom deler av genomet og områder lengre nord og høyere opp i fjellet. Det virker derfor usannsynlig at noen få gener frembringer en fenotype gunstig for slike ... Master Thesis Vulpes lagopus NTNU Open Archive (Norwegian University of Science and Technology) |
institution |
Open Polar |
collection |
NTNU Open Archive (Norwegian University of Science and Technology) |
op_collection_id |
ftntnutrondheimi |
language |
English |
description |
Som følge av globale endringer i miljø og arealbruk har man sett endringer i økosystemer og ekspansjon i boreale arter. Landskapsgenomikk er et spirende fagfelt som kombinerer økologi og genetikk. I sammenheng med globale endringer, er landskapsgenomikk et kraftig verktøy for å undersøke genetisk struktur og genflyt som formes av landskap og miljø. I denne avhandlingen studerte jeg den Skandinaviske rødreven (Vulpes vulpes), gjennom en tilnærming basert på landskapsgenomikk. Rødreven er en viktig generalist-art som har ekspandert lenger nord og høyere opp i fjellet. Den er også høyst relevant for viltforvaltning og folkehelse, for eksempel gjennom konkurranse med den truede fjellreven (Vulpes lagopus), og gjennom sin rolle som bærer av smittsomme sykdommer. Jeg brukte SNP-data fra hele genomet for å undersøke den genetiske strukturen hos Skandinavisk rødrev. I sammenheng med ekspansjon av rødrevens utbredelse, undersøkte jeg også om deler av genomet var assosiert med høyfjells- og nordlige områder. Jeg har vist at rødreven er preget av svak genetisk struktur og begrenset genetisk differensiering i Skandinavia. Dette tydet på en høy grad av genflyt og forflytning av individer på tvers av landskap. Danmark var derimot mer genetisk forskjellig fra resten av Skandinavia, som antakelig kan forklares med at stredene som skiller Danmark fra den Skandinaviske halvøy utgjør en landskapsbarriere for rødreven. I tillegg ble lavere heterozygositet observert i Danmark sammenlignet med Norge og Sverige. Jeg fant signaler fra mulig fylogeografisk struktur, og at nord-til-sør og øst-til-vest gradienter bestemte deler av den genetiske strukturen på den Skandinaviske halvøy. På tross av dette, var Norske og Svenske rødrever svært like genetisk sett. Denne studien viser derfor at rødreven representerer en spredningsvei for sykdommer i Skandinavia. Det var ingen assosiasjon mellom deler av genomet og områder lengre nord og høyere opp i fjellet. Det virker derfor usannsynlig at noen få gener frembringer en fenotype gunstig for slike ... |
author2 |
Jensen, Henrik Hagen, Ingerid J. Eide, Nina E. Miller, Andrea Madslien, Knut Flagstad, Øystein Blumentranth, Stefan |
format |
Master Thesis |
author |
Arntsen, Lina Gansmoe |
spellingShingle |
Arntsen, Lina Gansmoe The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox |
author_facet |
Arntsen, Lina Gansmoe |
author_sort |
Arntsen, Lina Gansmoe |
title |
The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox |
title_short |
The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox |
title_full |
The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox |
title_fullStr |
The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox |
title_full_unstemmed |
The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox |
title_sort |
landscape genomics of the scandinavian red fox |
publisher |
NTNU |
publishDate |
2022 |
url |
https://hdl.handle.net/11250/3005212 |
genre |
Vulpes lagopus |
genre_facet |
Vulpes lagopus |
op_relation |
no.ntnu:inspera:104135638:73040877 https://hdl.handle.net/11250/3005212 |
_version_ |
1766232750802599936 |