The Landscape Genomics of the Scandinavian Red Fox

Som følge av globale endringer i miljø og arealbruk har man sett endringer i økosystemer og ekspansjon i boreale arter. Landskapsgenomikk er et spirende fagfelt som kombinerer økologi og genetikk. I sammenheng med globale endringer, er landskapsgenomikk et kraftig verktøy for å undersøke genetisk st...

Full description

Bibliographic Details
Main Author: Arntsen, Lina Gansmoe
Other Authors: Jensen, Henrik, Hagen, Ingerid J., Eide, Nina E., Miller, Andrea, Madslien, Knut, Flagstad, Øystein, Blumentranth, Stefan
Format: Master Thesis
Language:English
Published: NTNU 2022
Subjects:
Online Access:https://hdl.handle.net/11250/3005212
Description
Summary:Som følge av globale endringer i miljø og arealbruk har man sett endringer i økosystemer og ekspansjon i boreale arter. Landskapsgenomikk er et spirende fagfelt som kombinerer økologi og genetikk. I sammenheng med globale endringer, er landskapsgenomikk et kraftig verktøy for å undersøke genetisk struktur og genflyt som formes av landskap og miljø. I denne avhandlingen studerte jeg den Skandinaviske rødreven (Vulpes vulpes), gjennom en tilnærming basert på landskapsgenomikk. Rødreven er en viktig generalist-art som har ekspandert lenger nord og høyere opp i fjellet. Den er også høyst relevant for viltforvaltning og folkehelse, for eksempel gjennom konkurranse med den truede fjellreven (Vulpes lagopus), og gjennom sin rolle som bærer av smittsomme sykdommer. Jeg brukte SNP-data fra hele genomet for å undersøke den genetiske strukturen hos Skandinavisk rødrev. I sammenheng med ekspansjon av rødrevens utbredelse, undersøkte jeg også om deler av genomet var assosiert med høyfjells- og nordlige områder. Jeg har vist at rødreven er preget av svak genetisk struktur og begrenset genetisk differensiering i Skandinavia. Dette tydet på en høy grad av genflyt og forflytning av individer på tvers av landskap. Danmark var derimot mer genetisk forskjellig fra resten av Skandinavia, som antakelig kan forklares med at stredene som skiller Danmark fra den Skandinaviske halvøy utgjør en landskapsbarriere for rødreven. I tillegg ble lavere heterozygositet observert i Danmark sammenlignet med Norge og Sverige. Jeg fant signaler fra mulig fylogeografisk struktur, og at nord-til-sør og øst-til-vest gradienter bestemte deler av den genetiske strukturen på den Skandinaviske halvøy. På tross av dette, var Norske og Svenske rødrever svært like genetisk sett. Denne studien viser derfor at rødreven representerer en spredningsvei for sykdommer i Skandinavia. Det var ingen assosiasjon mellom deler av genomet og områder lengre nord og høyere opp i fjellet. Det virker derfor usannsynlig at noen få gener frembringer en fenotype gunstig for slike ...