Phylogenetic analysis of the microbial mat in the hot spring Garga (Baikal rift zone) and the diversity of natural peptidases

• Published in: Vavilov Journal of Genetics and Breeding
• Main Authors: E. V. Lavrentyeva, A. A. Radnagurueva, T. G. Banzaraktsaeva, S. M. Bazarov, D. D. Barkhutova, I. D. Ulzetueva, M. K. Chernyavsky, M. R. Kabilov, V. V. Khakhinov, Е. В. Лаврентьева, А. А. Раднагуруева, Т. Г. Банзаракцаева, С. М. Базаров, Д. Д. Бархутова, И. Д. Ульзетуева, М. К. Чернявский, М. Р. Кабилов, В. В. Хахинов
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: Russian
• Published: Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RAS 2018
• Subjects: Байкальская рифтовая зона; microbial community; metagenomic analysis; peptidases; Baikal rift zone; микробное сообщество; метагеномный анализ; пептидазы; Arctic
• Online Access: https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/1274; https://doi.org/10.18699/VJ17.319

Hydrolytic bacteria (in particular, proteolytics) are the primary destructors in hot springs. The proteolytic bacteria are able to secrete enzymes that are active in wide ranges of pH and temperature. The aim of this work was to study the taxonomic composition, the structure of the bacterial microbial mat, and to study the distribution of peptidases in the thermophilic microbial Garga community. For the study, we sampled the microbial mat at a water temperature of 54.2 °C and a pH of 8.3. Hydrochemical analysis of water showed a high content of sulfates, 390 mg/dm3. The microelement composition of water showed that the Garga water had increased concentrations of B, Rb, Li, Ba, Sr. We analyzed the taxonomic diversity of the microbial community in the hot spring Garga at a temperature zone of 54 °C. The structure of the microbial mat is represented by various phylogenetic groups of mesophilic and thermophilic bacteria, with various metabolic and ecological functions. The dominant group in this community was the phylum Firmicutes (64 %). The analysis of the collected metagenomic sequences of the microbial community allowed the detected peptidases in the microbial community in the hot spring Garga to be for the first time systematized and characterized. Comparisons of metagenomic sequences of representative data showed a dominance of serine peptidase class enzymes. Natural peptidases in the investigated microbial community ensure the hydrolysis of biopolymers at the first stages of the destruction of organic matter and may have biotechnological relevance. В настоящее время в микробной экологии активно применяются методы метагеномного анализа, которые позволяют охарактеризовать таксономический состав и разнообразие микробных сообществ. Гидролитические бактерии, в частности протеолитики, в горячих источниках занимают нишу первичных деструкторов, благодаря способности секретировать фер­менты, активные в широких диапазонах значений рН и температур. Целью данной работы было определение таксономического состава, структуры бактериального микробного мата и выявление пептидаз в термофильном микробном сообществе Гарга. Гидрохимический анализ воды показал высокое содержание сульфатов – 390 мг/дм3. В микроэлементном составе воды отмечены повышенные концентрации B, Rb, Li, Ba и Sr. Проведен анализ таксономического разнообразия микробного мата в горячем источнике Гарга, в температурной зоне 54 °С. Структура микробного мата представлена разнообразными филогенетическими группами мезофильных и термофильных бактерий с различными метаболическими и экологическими функциями. Наибольшую долю в сообществе составил филум Firmicutes (64 %). Анализ собранных метагеномных последовательностей микробного мата позволил впервые систематизировать и дать характеристику выявленных пептидаз в микробном мате горячего источника Гарга. Сравнение метагеномных последовательностей репрезентативных данных выявило доминирование ферментов класса сериновых пептидаз. Природные пептидазы в исследуемом микробном сообществе обеспечивают гидролиз биополимеров на первых этапах деструкции органического вещества и могут представлять биотехнологический интерес.