Hantaviruses in Insectivore Populations in Siberia

Objective of the study was investigation of hantaviruses in a new natural reservoir - insectivores, their diversity and geographic distribution in the Western and Eastern Siberia. Materials and methods. Sorex shrews (71 specimens) were captured in Altai Republic, Altai, and Krasnoyarsk Territories,...

Full description

Bibliographic Details
Published in:New Theatre Quarterly
Main Authors: L. Yashina N., S. Abramov A., T. Dupal A., V. Yakimenko V., A. Tantsev K., B. Malyshev S., M. Kartashov Yu., Л. Яшина Н., C. Абрамов А., Т. Дупал А., В. Якименко В., А. Танцев К., Б. Малышев С., М. Карташов Ю.
Format: Article in Journal/Newspaper
Language:Russian
Published: Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” 2018
Subjects:
hantavirus
insectivores
Siberia
хантавирус
насекомоядные
Сибирь
Sakha
Sakha Republic
Саха
Online Access:https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1098
https://doi.org/10.21055/0370-1069-2018-4-89-93
id ftjppdi:oai:oai.microbe.elpub.ru:article/1098
record_format openpolar
institution Open Polar
collection Problems of Particularly Dangerous Infections (E-Journal)
op_collection_id ftjppdi
language Russian
topic hantavirus
insectivores
Siberia
хантавирус
насекомоядные
Сибирь
spellingShingle hantavirus
insectivores
Siberia
хантавирус
насекомоядные
Сибирь
L. Yashina N.
S. Abramov A.
T. Dupal A.
V. Yakimenko V.
A. Tantsev K.
B. Malyshev S.
M. Kartashov Yu.
Л. Яшина Н.
C. Абрамов А.
Т. Дупал А.
В. Якименко В.
А. Танцев К.
Б. Малышев С.
М. Карташов Ю.
Hantaviruses in Insectivore Populations in Siberia
topic_facet hantavirus
insectivores
Siberia
хантавирус
насекомоядные
Сибирь
description Objective of the study was investigation of hantaviruses in a new natural reservoir - insectivores, their diversity and geographic distribution in the Western and Eastern Siberia. Materials and methods. Sorex shrews (71 specimens) were captured in Altai Republic, Altai, and Krasnoyarsk Territories, and Omsk Region. All samples were analyzed for hantavirus RNA using reverse transcription polymerase chain reaction with subsequent sequencing. Results and conclusions. A total of 12 viral RNA isolates from two Sorex species (S. araneus and S. roboratus) were genetically typed. Sequence analysis of the partial L and S segments identified two distinct hantaviruses. Kenkeme (KKMV) virus was detected in a flat-skulled shrew (S. roboratus) in Altai Territory. This virus was previously found in geographically remote sites in the Sakha Republic and China. New foci of Seewis virus circulation among common shrews (S. araneus), were found in the Omsk Region, Altai and Krasnoyarsk Territories. Previously published and new findings suggest that hantaviruses among shrews are widely distributed over the Russian Federation territory. The widespread circulation of SWSV and KKMV throughout Siberia is an important argument for investigation of their role in human infections. Цель работы: исследование хантавирусов в новом природном резервуаре - насекомоядных, их многообразия и распространения на территории Западной и Восточной Сибири. Материалы и методы. Бурозубки рода Sorex (71 особь) отловлены на территории республики Алтай, Алтайского, Красноярского краев и Омской области. Все образцы выделенных РНК проанализированы методом обратной транскрипции - полимеразной цепной реакции с последующим секвенированием. результаты и выводы. Генотипированы 12 РНК изолятов вируса, выделенных от двух видов бурозубок - обыкновенной (S. araneus)и бурой (S. roboratus).Анализ последовательностей L- и S-сегментов вирусного генома выявил циркуляцию двух видов хантавирусов. В Алтайском крае у бурой бурозубки (S. roboratus)обнаружен вирус Кенкеме (KKMV), ранее найденный в географически удаленных точках Республики Саха и Китая. Новые очаги циркуляции вируса Сивис (SWSV) среди обыкновенных бурозубок (S. araneus) установлены на территории омской области, Алтайского и Красноярского краев. суммируя новые и ранее полученные данные, можно заключить, что хантавирусы в популяциях насекомоядных широко распростра­нены на территории Российской Федерации. Установленная на территории Сибири широкая циркуляция вирусов SWSV и KKMV дает веские основания для исследования роли выявленных вирусов в патологии человека.
format Article in Journal/Newspaper
author L. Yashina N.
S. Abramov A.
T. Dupal A.
V. Yakimenko V.
A. Tantsev K.
B. Malyshev S.
M. Kartashov Yu.
Л. Яшина Н.
C. Абрамов А.
Т. Дупал А.
В. Якименко В.
А. Танцев К.
Б. Малышев С.
М. Карташов Ю.
author_facet L. Yashina N.
S. Abramov A.
T. Dupal A.
V. Yakimenko V.
A. Tantsev K.
B. Malyshev S.
M. Kartashov Yu.
Л. Яшина Н.
C. Абрамов А.
Т. Дупал А.
В. Якименко В.
А. Танцев К.
Б. Малышев С.
М. Карташов Ю.
author_sort L. Yashina N.
title Hantaviruses in Insectivore Populations in Siberia
title_short Hantaviruses in Insectivore Populations in Siberia
title_full Hantaviruses in Insectivore Populations in Siberia
title_fullStr Hantaviruses in Insectivore Populations in Siberia
title_full_unstemmed Hantaviruses in Insectivore Populations in Siberia
title_sort hantaviruses in insectivore populations in siberia
publisher Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe”
publishDate 2018
url https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1098
https://doi.org/10.21055/0370-1069-2018-4-89-93
geographic Sakha
geographic_facet Sakha
genre Sakha
Sakha Republic
Саха
Siberia
genre_facet Sakha
Sakha Republic
Саха
Siberia
op_source Problems of Particularly Dangerous Infections; № 4 (2018); 89-93
Проблемы особо опасных инфекций; № 4 (2018); 89-93
2658-719X
0370-1069
10.21055/0370-1069-2018-4
op_relation https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1098/1007
Jonsson C.B., Figueiredo L.T., Vapalahti O. A global perspective on hantavirus ecology, epidemiology, and disease. Clin. Microbiol. Rev. 2010; 23(2):412-41. DOI:10.1128/CMR.00062-09.
Guo W.P., Lin X.D., Wang W., Tian J.H., Cong M.L., Zhang H.L., Wang M.R., Zhou R.H., Wang J.B., Li M.H., Xu J., Holmes E.C., Zhang Y.Z. Phylogeny and origins of hantaviruses harbored by bats, insectivores, and rodents. PLOS Pathog. 2013; 9(2):e1003159. DOI:10.1371/journal.ppat.1003159.
Holmes E.C., Zhang Y.Z. The evolution and emergence of hantaviruses. Curr. Opin. Virol. 2015; 10:27-33. DOI:10.1016/j.coviro.2014.12.007.
Heinemann P., Tia M., Alabi A., Anon J.C., Auste B., Essbauer S., Gnionsahe A., Kigninlman H., Klempa B., Kraef C., Kruger N., Leendertz F.H., Ndhatz-Sanogo M., Schaumburg F., Witkowski P.T., Akoua-Koffi C.G., Kruger D.H. Human Infections by Non-Rodent-Associated Hantaviruses in Africa. J. Infect. Dis. 2016; 214(10):1507-11. DOI:10.1093./infdis/jiw401.
Okumura M., Yoshimatsu K., Kumperasart S., Nakamura I., Ogino M., Taruishi M., Sugdee A., Pattamadilok S., Ibrahim I., Erlina S., Agui T., Yanagihara R., Arikawa J. Development of sero-logical assays for Thottapalayam virus, an insectivore-born hantavirus. Clin. Vaccine Immunol. 2007; 14(2):173-81. DOI:10.1128/CVI.00347-06.
Соколов И.И., редактор. Млекопитающие фауны СССР. Л.: Наука; 1963. Т 1. 638 с.
Arai S., Kang H.J., Gu S.H., Ohdachi S.D., Cook J.A., Yashina L.N., Tanaka-Taya K., Abramov S.A., Morikawa S., Okabe N., Oishi K., Yanagihara R. Genetic Diversity of Artybash Virus in the Laxmann's Shrew (Sorex caecutiens). Vector Borne Zoonotic Dis. 2016; 16(7):468-75. DOI:10.1089/vbz.2015.1903.
Kang H.J., Arai S., Hope A.G., Cook J.A., Yanagihara R. Novel hantavirus in flat-skulled shrew (Sorex roboratus). Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(6):593-7. DOI:10.1089/vbz.2009.0159.
Papa A., Vaheri A., LeDuc J.W., Kruger D.H., Avsic- ZupancT., Arikawa J., Song J.W., Markotic A., Clement J., Liang M., Li D., Yashina L.N., Jonsson C.B., Schmaljohn C.S. Meeting report: Tenth International Conference on Hantaviruses. Antiviral Res. 2016; 133:234-41. DOI:10.1016/j.antiviral.2016.08.015.
Yashina L.N., Abramov S.A., Gutorov V.V., Dupal T.A., Krivopalov A.V, Panov V.V., Danchinova G.A., Vinogradov V.V., Luchnikova E.M., Hay J., Kang H.J., Yanagihara R. Seewis virus: phylogeography of a shrew-borne hantavirus in Siberia, Russia. Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(6):585-91. DOI:10.1089/vbz.2009.0154.
Klempa B., Fichet-Calvet E., Lecompte E., Auste B., Aniskin V, Meisel H. Hantavirus in African wood mouse, Guinea. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12:838-40. DOI:10.3201/eid1205.051487.
Kang H.J., Arai S., Hope A.G., Song J.W., Cook J.A., Yanagihara R. Genetic diversity and phylogeography of Seewis virus in the Eurasian common shrew in Finland and Hungary. Virol. J. 2009; 6:208. DOI:10.1186/1743-422X-6-208.
https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1098
doi:10.21055/0370-1069-2018-4-89-93
op_rights Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access).
op_rightsnorm CC-BY
op_doi https://doi.org/10.21055/0370-1069-2018-4-89-93
https://doi.org/10.1128/CMR.00062-09
https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003159
https://doi.org/10.1016/j.coviro.2014.12.007
https://doi.org/10.1128/CVI.00347-06
https://doi.org/10.1089/vbz.2015.
container_title New Theatre Quarterly
container_volume 28
container_issue 3
container_start_page 272
op_container_end_page 295
_version_ 1766180719360475136
spelling ftjppdi:oai:oai.microbe.elpub.ru:article/1098 2023-05-15T18:08:26+02:00 Hantaviruses in Insectivore Populations in Siberia Хантавирусы в популяциях насекомоядных на территории Сибири L. Yashina N. S. Abramov A. T. Dupal A. V. Yakimenko V. A. Tantsev K. B. Malyshev S. M. Kartashov Yu. Л. Яшина Н. C. Абрамов А. Т. Дупал А. В. Якименко В. А. Танцев К. Б. Малышев С. М. Карташов Ю. 2018-12-30 application/pdf https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1098 https://doi.org/10.21055/0370-1069-2018-4-89-93 rus rus Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1098/1007 Jonsson C.B., Figueiredo L.T., Vapalahti O. A global perspective on hantavirus ecology, epidemiology, and disease. Clin. Microbiol. Rev. 2010; 23(2):412-41. DOI:10.1128/CMR.00062-09. Guo W.P., Lin X.D., Wang W., Tian J.H., Cong M.L., Zhang H.L., Wang M.R., Zhou R.H., Wang J.B., Li M.H., Xu J., Holmes E.C., Zhang Y.Z. Phylogeny and origins of hantaviruses harbored by bats, insectivores, and rodents. PLOS Pathog. 2013; 9(2):e1003159. DOI:10.1371/journal.ppat.1003159. Holmes E.C., Zhang Y.Z. The evolution and emergence of hantaviruses. Curr. Opin. Virol. 2015; 10:27-33. DOI:10.1016/j.coviro.2014.12.007. Heinemann P., Tia M., Alabi A., Anon J.C., Auste B., Essbauer S., Gnionsahe A., Kigninlman H., Klempa B., Kraef C., Kruger N., Leendertz F.H., Ndhatz-Sanogo M., Schaumburg F., Witkowski P.T., Akoua-Koffi C.G., Kruger D.H. Human Infections by Non-Rodent-Associated Hantaviruses in Africa. J. Infect. Dis. 2016; 214(10):1507-11. DOI:10.1093./infdis/jiw401. Okumura M., Yoshimatsu K., Kumperasart S., Nakamura I., Ogino M., Taruishi M., Sugdee A., Pattamadilok S., Ibrahim I., Erlina S., Agui T., Yanagihara R., Arikawa J. Development of sero-logical assays for Thottapalayam virus, an insectivore-born hantavirus. Clin. Vaccine Immunol. 2007; 14(2):173-81. DOI:10.1128/CVI.00347-06. Соколов И.И., редактор. Млекопитающие фауны СССР. Л.: Наука; 1963. Т 1. 638 с. Arai S., Kang H.J., Gu S.H., Ohdachi S.D., Cook J.A., Yashina L.N., Tanaka-Taya K., Abramov S.A., Morikawa S., Okabe N., Oishi K., Yanagihara R. Genetic Diversity of Artybash Virus in the Laxmann's Shrew (Sorex caecutiens). Vector Borne Zoonotic Dis. 2016; 16(7):468-75. DOI:10.1089/vbz.2015.1903. Kang H.J., Arai S., Hope A.G., Cook J.A., Yanagihara R. Novel hantavirus in flat-skulled shrew (Sorex roboratus). Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(6):593-7. DOI:10.1089/vbz.2009.0159. Papa A., Vaheri A., LeDuc J.W., Kruger D.H., Avsic- ZupancT., Arikawa J., Song J.W., Markotic A., Clement J., Liang M., Li D., Yashina L.N., Jonsson C.B., Schmaljohn C.S. Meeting report: Tenth International Conference on Hantaviruses. Antiviral Res. 2016; 133:234-41. DOI:10.1016/j.antiviral.2016.08.015. Yashina L.N., Abramov S.A., Gutorov V.V., Dupal T.A., Krivopalov A.V, Panov V.V., Danchinova G.A., Vinogradov V.V., Luchnikova E.M., Hay J., Kang H.J., Yanagihara R. Seewis virus: phylogeography of a shrew-borne hantavirus in Siberia, Russia. Vector Borne Zoonotic Dis. 2010; 10(6):585-91. DOI:10.1089/vbz.2009.0154. Klempa B., Fichet-Calvet E., Lecompte E., Auste B., Aniskin V, Meisel H. Hantavirus in African wood mouse, Guinea. Emerg. Infect. Dis. 2006; 12:838-40. DOI:10.3201/eid1205.051487. Kang H.J., Arai S., Hope A.G., Song J.W., Cook J.A., Yanagihara R. Genetic diversity and phylogeography of Seewis virus in the Eurasian common shrew in Finland and Hungary. Virol. J. 2009; 6:208. DOI:10.1186/1743-422X-6-208. https://journal.microbe.ru/jour/article/view/1098 doi:10.21055/0370-1069-2018-4-89-93 Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access). Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). CC-BY Problems of Particularly Dangerous Infections; № 4 (2018); 89-93 Проблемы особо опасных инфекций; № 4 (2018); 89-93 2658-719X 0370-1069 10.21055/0370-1069-2018-4 hantavirus insectivores Siberia хантавирус насекомоядные Сибирь info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion 2018 ftjppdi https://doi.org/10.21055/0370-1069-2018-4-89-93 https://doi.org/10.1128/CMR.00062-09 https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003159 https://doi.org/10.1016/j.coviro.2014.12.007 https://doi.org/10.1128/CVI.00347-06 https://doi.org/10.1089/vbz.2015. 2020-08-22T19:06:32Z Objective of the study was investigation of hantaviruses in a new natural reservoir - insectivores, their diversity and geographic distribution in the Western and Eastern Siberia. Materials and methods. Sorex shrews (71 specimens) were captured in Altai Republic, Altai, and Krasnoyarsk Territories, and Omsk Region. All samples were analyzed for hantavirus RNA using reverse transcription polymerase chain reaction with subsequent sequencing. Results and conclusions. A total of 12 viral RNA isolates from two Sorex species (S. araneus and S. roboratus) were genetically typed. Sequence analysis of the partial L and S segments identified two distinct hantaviruses. Kenkeme (KKMV) virus was detected in a flat-skulled shrew (S. roboratus) in Altai Territory. This virus was previously found in geographically remote sites in the Sakha Republic and China. New foci of Seewis virus circulation among common shrews (S. araneus), were found in the Omsk Region, Altai and Krasnoyarsk Territories. Previously published and new findings suggest that hantaviruses among shrews are widely distributed over the Russian Federation territory. The widespread circulation of SWSV and KKMV throughout Siberia is an important argument for investigation of their role in human infections. Цель работы: исследование хантавирусов в новом природном резервуаре - насекомоядных, их многообразия и распространения на территории Западной и Восточной Сибири. Материалы и методы. Бурозубки рода Sorex (71 особь) отловлены на территории республики Алтай, Алтайского, Красноярского краев и Омской области. Все образцы выделенных РНК проанализированы методом обратной транскрипции - полимеразной цепной реакции с последующим секвенированием. результаты и выводы. Генотипированы 12 РНК изолятов вируса, выделенных от двух видов бурозубок - обыкновенной (S. araneus)и бурой (S. roboratus).Анализ последовательностей L- и S-сегментов вирусного генома выявил циркуляцию двух видов хантавирусов. В Алтайском крае у бурой бурозубки (S. roboratus)обнаружен вирус Кенкеме (KKMV), ранее найденный в географически удаленных точках Республики Саха и Китая. Новые очаги циркуляции вируса Сивис (SWSV) среди обыкновенных бурозубок (S. araneus) установлены на территории омской области, Алтайского и Красноярского краев. суммируя новые и ранее полученные данные, можно заключить, что хантавирусы в популяциях насекомоядных широко распростра­нены на территории Российской Федерации. Установленная на территории Сибири широкая циркуляция вирусов SWSV и KKMV дает веские основания для исследования роли выявленных вирусов в патологии человека. Article in Journal/Newspaper Sakha Sakha Republic Саха Siberia Problems of Particularly Dangerous Infections (E-Journal) Sakha New Theatre Quarterly 28 3 272 295

Similar Items