THE MOLECULAR EPIDEMIOLOGICAL ANALYSIS OF HIV INFECTION IN SAKHALIN REGION, RUSSIA

• Published in: HIV Infection and Immunosuppressive Disorders
• Main Authors: A. S. Tumanov, E. V. Kazennova, K. B. Gromov, E. A. Lomakina, E. Yu. Zozylya, P. G. Bersenev, M. R. Bobkova, А. С. Туманов, Е. В. Казеннова, К. Б. Громов, Е. А. Ломакина, Е. Ю. Зозуля, П. Г. Берсенев, М. Р. Бобкова
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: Russian
• Published: Baltic Medical Education Center 2017
• Subjects: филогенетический анализ; subtype; phylogenetic analysis; подтипы; Sakhalin; Siberia
• Online Access: https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/284; https://doi.org/10.22328/2077-9828-2017-9-3-113-120

The results of the molecular epidemiological analysis of HIV-1 variants circulating in Sakhalin Oblast were presented. The HIV-1 viruses belonging to subtype A were dominated (81,14%). Besides these variants, viruses of another subtypes such as B, G and recombinant forms CRF63_02A1, URF02_AG, CRF11_cpx were identified. According to phylogenetic analysis, subtype A sequences formed the common branch with nucleotide sequences of A6 strains found in other regions of Russia. The recombinant strain CRF63_02A1 formed the common branch with HIV-1 sequences from Siberia and Russian Far East. Additional analysis using the jpHMM program revealed two unique recombinant forms (URF02_AG) formed by HIV-1 subtypes A and G. Among the viruses of subtype B, the BFSU strain, which is now widely distributed in Ukraine, has been identified. For the first time in Russia, the recombinant CRF11_cpx was detected on the Sakhalin region territory. Представлены результаты молекулярно-эпидемиологического анализа вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в Сахаинской области. Показано, что в регионе доминирует вариант А6 подтипа А ВИЧ-1 (81,14%), а также выявлены варианты вирусов других подтипов (B, G) и рекомбинантых форм (CRF63_02A1, URF02_AG, CRF11_cpx). По данным филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей, все штаммы ВИЧ-1 подтипа А принадлежат варианту А6, доминирующему в России, а рекомбинант CRF63_02A1 аналогичен таковым, циркулирующим в Сибири и на Дальнем Востоке России. Дополнительный анализ с применением программы jpHMM позволил выявить две уникальные рекомбинантные формы (URF02_AG), образованные вирусами подтипов A и G. Среди вирусов подтипа B выявлен штамм BFSU, который в настоящее время широко распространен на Украине. Впервые в России на территории Сахалинской области был выявлен рекомбинант CRF11_cpx.