Genome Report: De novo assembly of a high-quality reference genome for the Horned Lark (Eremophila alpestris) ... : تقرير الجينوم: تجميع جديد لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (Eremophila alpestris) ...
Abstract The Horned Lark ( Eremophila alpestris ) is a species of small songbird that exhibits remarkable geographic variation in appearance and habitat across an expansive distribution. While E. alpestris and related species have been the focus of many ecological and evolutionary studies, we still...
Main Authors: | , , , |
---|---|
Format: | Text |
Language: | English |
Published: |
OpenAlex
2019
|
Subjects: | |
Online Access: | https://dx.doi.org/10.60692/vpdjt-7ve81 https://gresis.osc.int//doi/10.60692/vpdjt-7ve81 |
id |
ftdatacite:10.60692/vpdjt-7ve81 |
---|---|
record_format |
openpolar |
spelling |
ftdatacite:10.60692/vpdjt-7ve81 2024-09-09T19:39:09+00:00 Genome Report: De novo assembly of a high-quality reference genome for the Horned Lark (Eremophila alpestris) ... : تقرير الجينوم: تجميع جديد لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (Eremophila alpestris) ... Nicholas A. Mason Paulo C. Pulgarín Carlos Daniel Cadena Irby J. Lovette 2019 https://dx.doi.org/10.60692/vpdjt-7ve81 https://gresis.osc.int//doi/10.60692/vpdjt-7ve81 en eng OpenAlex https://dx.doi.org/10.60692/dbk0k-bt665 cc-by RNA Sequencing Data Analysis Molecular Biology Biochemistry, Genetics and Molecular Biology Life Sciences Population Genetic Structure and Dynamics Genetics FOS Biological sciences Plant Pathogens and Insect Vectors Plant Science Agricultural and Biological Sciences Phylogenetic Analysis metagenomics assembly phylogenetic tree Sequence assembly Biology Genome Contig Evolutionary biology Genome size Gene Gene expression Transcriptome Text ScholarlyArticle article-journal 2019 ftdatacite https://doi.org/10.60692/vpdjt-7ve8110.60692/dbk0k-bt665 2024-08-01T09:15:58Z Abstract The Horned Lark ( Eremophila alpestris ) is a species of small songbird that exhibits remarkable geographic variation in appearance and habitat across an expansive distribution. While E. alpestris and related species have been the focus of many ecological and evolutionary studies, we still lack a highly contiguous genome assembly for horned larks and related taxa (Alaudidae). Here, we present CLO_EAlp_1.0, a highly contiguous assembly for horned larks generated from blood samples of a wild, male bird captured in the Altiplano Cundiboyacense of Colombia. By combining short-insert and mate-pair libraries with the ALLPATHS-LG genome assembly pipeline, we generated a 1.04 Gb assembly comprised of 2708 contigs with an N50 of 10.58 Mb and a L50 of 29. After polishing the genome, we were able to identify 94.5% of single-copy gene orthologs from an Aves data set and 97.7% of single-copy gene orthologs from a vertebrata data set, indicating that our de novo assembly is near complete. We anticipate that this ... : القبرة المقرنة (Eremophila alpestris) هي نوع من الطيور المغردة الصغيرة التي تظهر تباينًا جغرافيًا ملحوظًا في المظهر والموئل عبر توزيع واسع. في حين أن E. alpestris والأنواع ذات الصلة كانت محور العديد من الدراسات البيئية والتطورية، إلا أننا ما زلنا نفتقر إلى مجموعة جينوم متجاورة للغاية للقباب ذات القرون والأصناف ذات الصلة (Alaudidae). هنا، نقدم CLO_EAlp_1.0، وهو تجمع متجاور للغاية للقباب ذات القرون المتولدة من عينات دم من طائر بري ذكر تم التقاطه في Altiplano Cundiboyacense في كولومبيا. من خلال الجمع بين المكتبات قصيرة الإدراج ومكتبات الأزواج مع خط أنابيب تجميع جينوم ALLPATHS - LG، أنشأنا مجموعة 1.04 جيجابايت تتكون من 2708 جوارًا مع N50 من 10.58 ميجابايت و L50 من 29. بعد تلميع الجينوم، تمكنا من تحديد 94.5 ٪ من تقويم العظام الجيني أحادي النسخة من مجموعة بيانات AVES و 97.7 ٪ من تقويم العظام الجيني أحادي النسخة من مجموعة بيانات الفقرات، مما يشير إلى أن تجميعنا الجديد قد أوشك على الانتهاء. نتوقع أن يكون هذا المورد الجيني مفيدًا لمجتمع الطيور الأوسع والمهتمين بدراسة التاريخ التطوري والتفاعلات البيئية لسلالة واسعة ... Text Eremophila alpestris DataCite The Altiplano ENVELOPE(163.917,163.917,-78.133,-78.133) |
institution |
Open Polar |
collection |
DataCite |
op_collection_id |
ftdatacite |
language |
English |
topic |
RNA Sequencing Data Analysis Molecular Biology Biochemistry, Genetics and Molecular Biology Life Sciences Population Genetic Structure and Dynamics Genetics FOS Biological sciences Plant Pathogens and Insect Vectors Plant Science Agricultural and Biological Sciences Phylogenetic Analysis metagenomics assembly phylogenetic tree Sequence assembly Biology Genome Contig Evolutionary biology Genome size Gene Gene expression Transcriptome |
spellingShingle |
RNA Sequencing Data Analysis Molecular Biology Biochemistry, Genetics and Molecular Biology Life Sciences Population Genetic Structure and Dynamics Genetics FOS Biological sciences Plant Pathogens and Insect Vectors Plant Science Agricultural and Biological Sciences Phylogenetic Analysis metagenomics assembly phylogenetic tree Sequence assembly Biology Genome Contig Evolutionary biology Genome size Gene Gene expression Transcriptome Nicholas A. Mason Paulo C. Pulgarín Carlos Daniel Cadena Irby J. Lovette Genome Report: De novo assembly of a high-quality reference genome for the Horned Lark (Eremophila alpestris) ... : تقرير الجينوم: تجميع جديد لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (Eremophila alpestris) ... |
topic_facet |
RNA Sequencing Data Analysis Molecular Biology Biochemistry, Genetics and Molecular Biology Life Sciences Population Genetic Structure and Dynamics Genetics FOS Biological sciences Plant Pathogens and Insect Vectors Plant Science Agricultural and Biological Sciences Phylogenetic Analysis metagenomics assembly phylogenetic tree Sequence assembly Biology Genome Contig Evolutionary biology Genome size Gene Gene expression Transcriptome |
description |
Abstract The Horned Lark ( Eremophila alpestris ) is a species of small songbird that exhibits remarkable geographic variation in appearance and habitat across an expansive distribution. While E. alpestris and related species have been the focus of many ecological and evolutionary studies, we still lack a highly contiguous genome assembly for horned larks and related taxa (Alaudidae). Here, we present CLO_EAlp_1.0, a highly contiguous assembly for horned larks generated from blood samples of a wild, male bird captured in the Altiplano Cundiboyacense of Colombia. By combining short-insert and mate-pair libraries with the ALLPATHS-LG genome assembly pipeline, we generated a 1.04 Gb assembly comprised of 2708 contigs with an N50 of 10.58 Mb and a L50 of 29. After polishing the genome, we were able to identify 94.5% of single-copy gene orthologs from an Aves data set and 97.7% of single-copy gene orthologs from a vertebrata data set, indicating that our de novo assembly is near complete. We anticipate that this ... : القبرة المقرنة (Eremophila alpestris) هي نوع من الطيور المغردة الصغيرة التي تظهر تباينًا جغرافيًا ملحوظًا في المظهر والموئل عبر توزيع واسع. في حين أن E. alpestris والأنواع ذات الصلة كانت محور العديد من الدراسات البيئية والتطورية، إلا أننا ما زلنا نفتقر إلى مجموعة جينوم متجاورة للغاية للقباب ذات القرون والأصناف ذات الصلة (Alaudidae). هنا، نقدم CLO_EAlp_1.0، وهو تجمع متجاور للغاية للقباب ذات القرون المتولدة من عينات دم من طائر بري ذكر تم التقاطه في Altiplano Cundiboyacense في كولومبيا. من خلال الجمع بين المكتبات قصيرة الإدراج ومكتبات الأزواج مع خط أنابيب تجميع جينوم ALLPATHS - LG، أنشأنا مجموعة 1.04 جيجابايت تتكون من 2708 جوارًا مع N50 من 10.58 ميجابايت و L50 من 29. بعد تلميع الجينوم، تمكنا من تحديد 94.5 ٪ من تقويم العظام الجيني أحادي النسخة من مجموعة بيانات AVES و 97.7 ٪ من تقويم العظام الجيني أحادي النسخة من مجموعة بيانات الفقرات، مما يشير إلى أن تجميعنا الجديد قد أوشك على الانتهاء. نتوقع أن يكون هذا المورد الجيني مفيدًا لمجتمع الطيور الأوسع والمهتمين بدراسة التاريخ التطوري والتفاعلات البيئية لسلالة واسعة ... |
format |
Text |
author |
Nicholas A. Mason Paulo C. Pulgarín Carlos Daniel Cadena Irby J. Lovette |
author_facet |
Nicholas A. Mason Paulo C. Pulgarín Carlos Daniel Cadena Irby J. Lovette |
author_sort |
Nicholas A. Mason |
title |
Genome Report: De novo assembly of a high-quality reference genome for the Horned Lark (Eremophila alpestris) ... : تقرير الجينوم: تجميع جديد لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (Eremophila alpestris) ... |
title_short |
Genome Report: De novo assembly of a high-quality reference genome for the Horned Lark (Eremophila alpestris) ... : تقرير الجينوم: تجميع جديد لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (Eremophila alpestris) ... |
title_full |
Genome Report: De novo assembly of a high-quality reference genome for the Horned Lark (Eremophila alpestris) ... : تقرير الجينوم: تجميع جديد لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (Eremophila alpestris) ... |
title_fullStr |
Genome Report: De novo assembly of a high-quality reference genome for the Horned Lark (Eremophila alpestris) ... : تقرير الجينوم: تجميع جديد لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (Eremophila alpestris) ... |
title_full_unstemmed |
Genome Report: De novo assembly of a high-quality reference genome for the Horned Lark (Eremophila alpestris) ... : تقرير الجينوم: تجميع جديد لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (Eremophila alpestris) ... |
title_sort |
genome report: de novo assembly of a high-quality reference genome for the horned lark (eremophila alpestris) ... : تقرير الجينوم: تجميع جديد لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (eremophila alpestris) ... |
publisher |
OpenAlex |
publishDate |
2019 |
url |
https://dx.doi.org/10.60692/vpdjt-7ve81 https://gresis.osc.int//doi/10.60692/vpdjt-7ve81 |
long_lat |
ENVELOPE(163.917,163.917,-78.133,-78.133) |
geographic |
The Altiplano |
geographic_facet |
The Altiplano |
genre |
Eremophila alpestris |
genre_facet |
Eremophila alpestris |
op_relation |
https://dx.doi.org/10.60692/dbk0k-bt665 |
op_rights |
cc-by |
op_doi |
https://doi.org/10.60692/vpdjt-7ve8110.60692/dbk0k-bt665 |
_version_ |
1809908278559244288 |