Genome Report: De novo assembly of a high-quality reference genome for the Horned Lark (Eremophila alpestris) ... : تقرير الجينوم: تجميع جديد لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (Eremophila alpestris) ...

• Main Authors: Nicholas A. Mason, Paulo C. Pulgarín, Carlos Daniel Cadena, Irby J. Lovette
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2019
• Subjects: RNA Sequencing Data Analysis; Molecular Biology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Life Sciences; Population Genetic Structure and Dynamics; Genetics; FOS Biological sciences; Plant Pathogens and Insect Vectors; Plant Science; Agricultural and Biological Sciences; Phylogenetic Analysis; metagenomics assembly; phylogenetic tree; Sequence assembly; Biology; Genome; Contig; Evolutionary biology; Genome size; Gene; Gene expression; Transcriptome; The Altiplano; Eremophila alpestris
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/vpdjt-7ve81; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/vpdjt-7ve81

Abstract The Horned Lark ( Eremophila alpestris ) is a species of small songbird that exhibits remarkable geographic variation in appearance and habitat across an expansive distribution. While E. alpestris and related species have been the focus of many ecological and evolutionary studies, we still lack a highly contiguous genome assembly for horned larks and related taxa (Alaudidae). Here, we present CLO_EAlp_1.0, a highly contiguous assembly for horned larks generated from blood samples of a wild, male bird captured in the Altiplano Cundiboyacense of Colombia. By combining short-insert and mate-pair libraries with the ALLPATHS-LG genome assembly pipeline, we generated a 1.04 Gb assembly comprised of 2708 contigs with an N50 of 10.58 Mb and a L50 of 29. After polishing the genome, we were able to identify 94.5% of single-copy gene orthologs from an Aves data set and 97.7% of single-copy gene orthologs from a vertebrata data set, indicating that our de novo assembly is near complete. We anticipate that this ... : القبرة المقرنة (Eremophila alpestris) هي نوع من الطيور المغردة الصغيرة التي تظهر تباينًا جغرافيًا ملحوظًا في المظهر والموئل عبر توزيع واسع. في حين أن E. alpestris والأنواع ذات الصلة كانت محور العديد من الدراسات البيئية والتطورية، إلا أننا ما زلنا نفتقر إلى مجموعة جينوم متجاورة للغاية للقباب ذات القرون والأصناف ذات الصلة (Alaudidae). هنا، نقدم CLO_EAlp_1.0، وهو تجمع متجاور للغاية للقباب ذات القرون المتولدة من عينات دم من طائر بري ذكر تم التقاطه في Altiplano Cundiboyacense في كولومبيا. من خلال الجمع بين المكتبات قصيرة الإدراج ومكتبات الأزواج مع خط أنابيب تجميع جينوم ALLPATHS - LG، أنشأنا مجموعة 1.04 جيجابايت تتكون من 2708 جوارًا مع N50 من 10.58 ميجابايت و L50 من 29. بعد تلميع الجينوم، تمكنا من تحديد 94.5 ٪ من تقويم العظام الجيني أحادي النسخة من مجموعة بيانات AVES و 97.7 ٪ من تقويم العظام الجيني أحادي النسخة من مجموعة بيانات الفقرات، مما يشير إلى أن تجميعنا الجديد قد أوشك على الانتهاء. نتوقع أن يكون هذا المورد الجيني مفيدًا لمجتمع الطيور الأوسع والمهتمين بدراسة التاريخ التطوري والتفاعلات البيئية لسلالة واسعة ...