Microbial community drivers of PK/NRP gene diversity in selected global soils ... : محركات المجتمع الميكروبية للتنوع الجيني PK/NRP في تربة عالمية مختارة ...

• Main Authors: Chiara Borsetto, Gregory C. A. Amos, Ulisses Nunes da Rocha, Alex Mitchell, Alex Bateman, Rabah Forar Laidi, Carlos Vallín, David A. Pearce, Kevin K. Newsham, Elizabeth M. H. Wellington
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2019
• Subjects: Natural Products as Sources of New Drugs; Pharmacology; Medicine; Health Sciences; RNA Sequencing Data Analysis; Molecular Biology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Life Sciences; Probiotics and Prebiotics; Food Science; Agricultural and Biological Sciences; Polyketide Biosynthesis; Phylum; Biology; Actinobacteria; Bacteroidetes; Metagenomics; Proteobacteria; Polyketide; Verrucomicrobia; Amplicon; Antimicrobial; 16S ribosomal RNA; Microbiome; Ribosomal RNA; Genetics; FOS Biological sciences; Computational biology; Gene; Evolutionary biology; Microbiology; Polymerase chain reaction; Biosynthesis; Antarc*; Antarctica
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/jtca1-e2648; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/jtca1-e2648

The emergence of antibiotic-resistant pathogens has created an urgent need for novel antimicrobial treatments. Advances in next-generation sequencing have opened new frontiers for discovery programmes for natural products allowing the exploitation of a larger fraction of the microbial community. Polyketide (PK) and non-ribosomal pepetide (NRP) natural products have been reported to be related to compounds with antimicrobial and anticancer activities. We report here a new culture-independent approach to explore bacterial biosynthetic diversity and determine bacterial phyla in the microbial community associated with PK and NRP diversity in selected soils. Through amplicon sequencing, we explored the microbial diversity (16S rRNA gene) of 13 soils from Antarctica, Africa, Europe and a Caribbean island and correlated this with the amplicon diversity of the adenylation (A) and ketosynthase (KS) domains within functional genes coding for non-ribosomal peptide synthetases (NRPSs) and polyketide synthases (PKSs), ... : خلق ظهور مسببات الأمراض المقاومة للمضادات الحيوية حاجة ملحة لعلاجات جديدة مضادة للميكروبات. فتحت التطورات في تسلسل الجيل التالي حدودًا جديدة لبرامج اكتشاف المنتجات الطبيعية مما يسمح باستغلال جزء أكبر من المجتمع الميكروبي. تم الإبلاغ عن أن منتجات البولي كيتيد (PK) والبيبيتيد غير الريبوسومي (NRP) الطبيعية مرتبطة بمركبات ذات أنشطة مضادة للميكروبات ومضادة للسرطان. نبلغ هنا عن نهج جديد مستقل عن الثقافة لاستكشاف التنوع الحيوي البكتيري وتحديد الشعب البكتيرية في المجتمع الميكروبي المرتبط بتنوع الحرائك الدوائية و NRP في التربة المختارة. من خلال تسلسل الأمبليكون، استكشفنا التنوع الميكروبي (جين 16S rRNA) لـ 13 تربة من القارة القطبية الجنوبية وأفريقيا وأوروبا وجزيرة كاريبية وربطنا ذلك بتنوع الأمبليكون لمجالات الأدينيلة (A) و ketosynthase (KS) داخل الجينات الوظيفية المشفرة لمركبات الببتيد غير الريبوسومية (NRPSs) ومركبات البولي كيتيد (PKSs)، والتي تشارك في إنتاج NRP و PK، على التوالي. لم تحدد تحليلات الارتباط بين Mantel و Procrustes مع البيانات التصنيفية الميكروبية فقط الشُعب الأكتينية والبكتيريا البروتينية المدروسة ...