The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Northwest Atlantic through Eastern Tropical Pacific ... : بعثة المشعوذ 2 العالمية لأخذ العينات من المحيط: شمال غرب المحيط الأطلسي عبر شرق المحيط الهادئ الاستوائي ...

• Main Authors: Douglas B. Rusch, Aaron L. Halpern, Granger Sutton, Karla B. Heidelberg, Shannon J. Williamson, Shibu Yooseph, Dongying Wu, Jonathan A. Eisen, Jeff Hoffman, Karin Remington, Karen Beeson, Benjamin Tran, Hamilton O. Smith, Holly Baden-Tillson, Clare Stewart, Joyce Thorpe, Jason Freeman, Cynthia Andrews‐Pfannkoch, Joseph E. Venter, Kelvin Li, Saul Kravitz, John F. Heidelberg, Terry Utterback, Yu-Hui Rogers, Luisa I. Falcón, Valeria Souza, Germán Bonilla‐Rosso, Luis E. Eguiarte, David M. Karl, Shubha Sathyendranath, Trevor Platt, Eldredge Bermingham, Víctor A. Gallardo, Giselle Tamayo‐Castillo, Michael R. Ferrari, Robert L. Strausberg, Kenneth H. Nealson, Robert M. Friedman, M.E. Frazier, J. Craig Venter
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2007
• Subjects: Marine Microbial Diversity and Biogeography; Ecology; FOS Biological sciences; Environmental Science; Physical Sciences; RNA Sequencing Data Analysis; Molecular Biology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Life Sciences; Application of Stable Isotopes in Trophic Ecology; metagenomics assembly; Biology; Metagenomics; Evolutionary biology; Phylogenetic tree; Gene; Genetics; North Atlantic; Northwest Atlantic
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/hs6x7-ese59; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/hs6x7-ese59

The world's oceans contain a complex mixture of micro-organisms that are for the most part, uncharacterized both genetically and biochemically. We report here a metagenomic study of the marine planktonic microbiota in which surface (mostly marine) water samples were analyzed as part of the Sorcerer II Global Ocean Sampling expedition. These samples, collected across a several-thousand km transect from the North Atlantic through the Panama Canal and ending in the South Pacific yielded an extensive dataset consisting of 7.7 million sequencing reads (6.3 billion bp). Though a few major microbial clades dominate the planktonic marine niche, the dataset contains great diversity with 85% of the assembled sequence and 57% of the unassembled data being unique at a 98% sequence identity cutoff. Using the metadata associated with each sample and sequencing library, we developed new comparative genomic and assembly methods. One comparative genomic method, termed "fragment recruitment," addressed questions of genome ... : تحتوي محيطات العالم على مزيج معقد من الكائنات الحية الدقيقة التي هي في معظمها غير مميزة وراثيًا وكيميائيًا حيويًا. نبلغ هنا عن دراسة ميتاجينومية للميكروبات العوالق البحرية التي تم فيها تحليل عينات المياه السطحية (البحرية في الغالب) كجزء من بعثة المشعوذ الثاني العالمية لأخذ عينات المحيطات. أسفرت هذه العينات، التي تم جمعها عبر عدة آلاف من الكيلومترات من شمال المحيط الأطلسي عبر قناة بنما وتنتهي في جنوب المحيط الهادئ، عن مجموعة بيانات واسعة تتكون من 7.7 مليون قراءة تسلسلية (6.3 مليار نقطة أساس). على الرغم من أن بعض الفروع الميكروبية الرئيسية تهيمن على المحراب البحري العوالق، فإن مجموعة البيانات تحتوي على تنوع كبير مع 85 ٪ من التسلسل المجمع و 57 ٪ من البيانات غير المجمعة فريدة من نوعها عند قطع هوية تسلسل 98 ٪. باستخدام البيانات الوصفية المرتبطة بكل عينة ومكتبة تسلسل، قمنا بتطوير طرق مقارنة جديدة للجينوم والتجميع. تناولت إحدى الطرق الجينومية المقارنة، المسماة "تجنيد الشظايا"، مسائل بنية الجينوم، والتطور، والتنوع التصنيفي أو الوراثي، بالإضافة إلى التنوع الكيميائي الحيوي للجينات وعائلات الجينات. أتاحت الطريقة ...