Inverse PCR-based detection reveal novel mobile genetic elements and their associated genes in the human oral metagenome ... : يكشف الكشف العكسي القائم على تفاعل البوليميراز المتسلسل عن عناصر وراثية متنقلة جديدة والجينات المرتبطة بها في الميتاجينوم الفموي البشري ...

• Main Authors: Supathep Tansirichaiya, Endre Winje, Johannes Wigand, Mohammed Al‐Haroni
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2022
• Subjects: Changing Prevalence of HIV-Associated Oral Lesions; Public Health, Environmental and Occupational Health; Medicine; Health Sciences; Periodontal Diseases and Oral Microbiome; Periodontics; Dentistry; FOS Clinical medicine; Oral Mucosal Disorders and Malignant Transformation Risk; Oral Manifestations; Oral Microbiome; Mobile genetic elements; Integron; Genetics; FOS Biological sciences; Amplicon; Transposable element; Gene; Biology; Genome; Computational biology; Metagenomics; Population; Plasmid; Polymerase chain reaction; Environmental health; Tromsø
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/gtxe5-6re67; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/gtxe5-6re67

Abstract The human oral cavity is one of the hotspots harboring multiple mobile genetic elements (MGEs), which are segments of DNA that can move either within bacterial genomes or between bacterial cells that can facilitate the spreading of genetic materials, including antimicrobial resistance genes. It is, therefore, important to investigate genes associated with the MGEs as they have a high probability of dissemination within the bacterial population under selective pressure from human activities. As one-third of oral bacteria are not yet culturable in the laboratory condition, therefore, in this work, it is aimed to detect and identify the genetic contexts of MGEs in the oral cavity through an inverse PCR (IPCR)-based approach on the oral metagenomic. The human oral metagenome was extracted from saliva samples collected from healthy individuals in Tromsø, Norway. The extracted DNA was partially digested with the HindIII restriction enzyme and self-circularized by ligation. DNA primers targeting each MGE ... : تجويف الفم البشري هو أحد النقاط الساخنة التي تحتوي على عناصر وراثية متحركة متعددة (MGEs)، وهي أجزاء من الحمض النووي يمكن أن تتحرك إما داخل الجينوم البكتيري أو بين الخلايا البكتيرية التي يمكن أن تسهل انتشار المواد الوراثية، بما في ذلك جينات مقاومة مضادات الميكروبات. لذلك، من المهم التحقيق في الجينات المرتبطة بـ MGEs لأن لديها احتمالية عالية للانتشار داخل المجموعة البكتيرية تحت ضغط انتقائي من الأنشطة البشرية. نظرًا لأن ثلث البكتيريا الفموية ليست قابلة للزراعة بعد في حالة المختبر، لذلك، في هذا العمل، يهدف إلى اكتشاف وتحديد السياقات الوراثية لـ MGEs في تجويف الفم من خلال نهج عكسي قائم على تفاعل البوليميراز المتسلسل (IPCR) على الميتاجينوم الفموي. تم استخراج الميتاجينوم الفموي البشري من عينات اللعاب التي تم جمعها من أفراد أصحاء في ترومسو، النرويج. تم هضم الحمض النووي المستخرج جزئيًا مع إنزيم التقييد HindIII وتم تعميمه ذاتيًا عن طريق الربط. تم تصميم بادئات الحمض النووي التي تستهدف كل MGE لتضخيمها إلى الخارج من MGEs واستخدامها في IPCR على منتجات الحمض النووي الدائرية. تم استنساخ أمبيلكونات IPCR في متجه pCR - XL -2 - ...