A genome-wide DNA methylation study in colorectal carcinoma ... : دراسة مثيلة الحمض النووي على مستوى الجينوم في سرطان القولون والمستقيم ...

• Main Authors: Muhammad G. Kibriya, Maruf Raza, Farzana Jasmine, Shantanu Roy, Rachelle Paul-Brutus, Ronald Rahaman, Charlotte Dodsworth, Muhammad Rakibuz‐Zaman, Mohammed Kamal, Habibul Ahsan
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2011
• Subjects: Epigenetic Modifications and Their Functional Implications; Molecular Biology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Life Sciences; RNA Methylation and Modification in Gene Expression; Genomic Studies and Association Analyses; Genetics; FOS Biological sciences; DNA Methylation; RNA methylation; DNA methylation; Methylation; Biology; CpG site; Gene; Illumina Methylation Assay; Epigenetics; Microarray; Bisulfite sequencing; Cancer research; Molecular biology; Gene expression; DML
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/grry1-5my35; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/grry1-5my35

We performed a genome-wide scan of 27,578 CpG loci covering 14,475 genes to identify differentially methylated loci (DML) in colorectal carcinoma (CRC).We used Illumina's Infinium methylation assay in paired DNA samples extracted from 24 fresh frozen CRC tissues and their corresponding normal colon tissues from 24 consecutive diagnosed patients at a tertiary medical center.We found a total of 627 DML in CRC covering 513 genes, of which 535 are novel DML covering 465 genes. We also validated the Illumina Infinium methylation data for top-ranking genes by non-bisulfite conversion q-PCR-based methyl profiler assay in a subset of the same samples. We also carried out integration of genome-wide copy number and expression microarray along with methylation profiling to see the functional effect of methylation. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) showed that among the major "gene sets" that are hypermethylated in CRC are the sets: "inhibition of adenylate cyclase activity by G-protein signaling", "Rac ... : أجرينا مسحًا على نطاق الجينوم لـ 27578 موضعًا لجرعة الجينوم الواحد تغطي 14475 جينًا لتحديد المواضع الميثيلية التفاضلية (DML) في سرطان القولون والمستقيم (CRC). استخدمنا اختبار مثيلة الإنفينيوم في Illumina في عينات الحمض النووي المقترنة المستخرجة من 24 نسيجًا من أنسجة CRC المجمدة حديثًا وأنسجة القولون الطبيعية المقابلة لها من 24 مريضًا تم تشخيصهم على التوالي في مركز طبي ثالث. وجدنا ما مجموعه 627 DML في CRC تغطي 513 جينًا، منها 535 هي DML جديدة تغطي 465 جينًا. لقد تحققنا أيضًا من صحة بيانات مثيلة Illumina Infinium للجينات ذات التصنيف الأعلى من خلال اختبار تحليل الميثيل القائم على تحويل غير البيسلفيت q - PCR في مجموعة فرعية من نفس العينات. كما أجرينا تكاملًا لرقم النسخة على مستوى الجينوم والمصفوفة الدقيقة للتعبير جنبًا إلى جنب مع توصيف المثيلة لمعرفة التأثير الوظيفي للمثيلة. أظهر تحليل إثراء مجموعة الجينات (GSEA) أنه من بين "مجموعات الجينات" الرئيسية التي يتم فرط ميثيلها في CRC هي المجموعات: "تثبيط نشاط أدينيلات سيكلاز عن طريق إشارات البروتين G"، و "نشاط عامل تبادل جوانيل نيوكليوتيد الراك"، و "تنظيم مسار إشارات ...