Estudio computacional de las interacciones moleculares entre el timol y los residuos HIS41 y CYS145 presentes en el sitio activo de la proteasa 3CLpro ... : دراسة حسابية للتفاعلات الجزيئية بين الثيمول و HIS41 و CYS145 الموجودة في الموقع النشط للأنزيم البروتيني 3CLpro ...

• Main Authors: José Acosta, José G. Parra, Peter Iza
• Format: Text
• Language: Spanish
• Published: OpenAlex 2024
• Subjects: Computational Methods in Drug Discovery; Computational Theory and Mathematics; Computer Science; Physical Sciences; Pharmacological Effects of Licorice Roots; Pharmacology; Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics; Life Sciences; ATP Synthase Function and Regulation; Molecular Biology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Molecular Docking; Humanities; FOS Humanities; Art; Orca
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/b3k8e-2d579; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/b3k8e-2d579

La proteína proteasa 3CLpro del SARS-CoV-2 es una enzima crucial para la replicación viral, convirtiéndose en un blanco terapéutico de gran importancia. El timol (2-isopropil-5-metilfenol), un compuesto natural que se encuentra en el tomillo (Thymus vulgaris), exhibe potencial actividad antiviral contra la proteasa 3CLpro. En este estudio, usando acoplamiento molecular con AutoDockTools-1.5.6, se evaluaron las energías de interacción molecular entre el timol y los residuos de aminoácidos en el sitio activo de la proteína proteasa 3CLpro. Luego, con la teoría cuántica de Átomos en Moléculas (QTAIM) y la de Interacciones no covalentes (NCI) se analizaron los tipos de interacciones moleculares entre los residuos de aminoácidos identificados y el timol. Los cálculos cuánticos se llevaron con el software Orca-5.0.3, utilizando el método DFT con el funcional M06-2X y el conjunto base aug-cc-pVDZ en fase gaseosa. Los resultados de acoplamiento molecular indican que el timol se une a la proteína 3CL con una energía ... : بروتياز البروتين 3CLpro من SARS - CoV -2 هو إنزيم حاسم للتكاثر الفيروسي، ليصبح هدفًا علاجيًا مهمًا للغاية. يُظهر الثيمول (2 -أيزوبروبيل-5 -ميثيل فينول)، وهو مركب طبيعي موجود في الزعتر (Thymus vulgaris)، نشاطًا مضادًا للفيروسات محتملًا ضد بروتياز 3CLpro. في هذه الدراسة، باستخدام الاقتران الجزيئي مع AutoDockTools-1.5.6، تم تقييم طاقات التفاعل الجزيئي بين بقايا الثيمول والأحماض الأمينية في الموقع النشط لبروتين 3CLpro protease. ثم، مع النظرية الكمية للذرات في الجزيئات (QTAIM) والتفاعلات غير التساهمية (NCI)، تم تحليل أنواع التفاعلات الجزيئية بين بقايا الأحماض الأمينية المحددة والثيمول. تم إجراء الحسابات الكمية باستخدام برنامج Orca-5.0.3، باستخدام طريقة DFT مع وظيفة M06 -2X وقاعدة aug - cc - pVDZ المحددة في مرحلة الغاز. تشير نتائج الاقتران الجزيئي إلى أن الثيمول يرتبط ببروتين 3CL بطاقة تفاعل تساوي -3.784 سعرة حرارية/مول. يشير تحليل QTAIM إلى وجود نقاط تقاطع حرجة بين الثيمول و HIS41 و CYS145. بالإضافة إلى ذلك، لوحظ تكوين رابطة هيدروجينية بين مجموعة OH من الثيمول مع بقايا CYS145، والتي تدعمها تحليلات ELF (وظيفة ...