De Novo Assembly of a High-Quality Reference Genome for the Horned Lark (Eremophila alpestris) ... : مجموعة دي نوفو لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (Eremophila alpestris) ...

• Main Authors: Nicholas A. Mason, Paulo C. Pulgarín, Carlos Daniel Cadena, Irby J. Lovette
• Format: Text
• Language: English
• Published: OpenAlex 2020
• Subjects: RNA Sequencing Data Analysis; Molecular Biology; Biochemistry, Genetics and Molecular Biology; Life Sciences; Population Genetic Structure and Dynamics; Genetics; FOS Biological sciences; Plant Pathogens and Insect Vectors; Plant Science; Agricultural and Biological Sciences; metagenomics assembly; Phylogenetic Analysis; phylogenetic tree; Adaptive Evolution; Contig; Sequence assembly; Biology; Genome; Evolutionary biology; Gene; Transcriptome; Gene expression; The Altiplano; Eremophila alpestris
• Online Access: https://dx.doi.org/10.60692/1p6h7-rve75; https://gresis.osc.int//doi/10.60692/1p6h7-rve75

The Horned Lark (Eremophila alpestris) is a small songbird that exhibits remarkable geographic variation in appearance and habitat across an expansive distribution. While E. alpestris has been the focus of many ecological and evolutionary studies, we still lack a highly contiguous genome assembly for the Horned Lark and related taxa (Alaudidae). Here, we present CLO_EAlp_1.0, a highly contiguous assembly for E. alpestris generated from a blood sample of a wild, male bird captured in the Altiplano Cundiboyacense of Colombia. By combining short-insert and mate-pair libraries with the ALLPATHS-LG genome assembly pipeline, we generated a 1.04 Gb assembly comprised of 2713 scaffolds, with a largest scaffold size of 31.81 Mb, a scaffold N50 of 9.42 Mb, and a scaffold L50 of 30. These scaffolds were assembled from 23685 contigs, with a largest contig size of 1.69 Mb, a contig N50 of 193.81 kb, and a contig L50 of 1429. Our assembly pipeline also produced a single mitochondrial DNA contig of 14.00 kb. After ... : قبرة القرن (Eremophila alpestris) هي طائر مغرد صغير يظهر تباينًا جغرافيًا ملحوظًا في المظهر والموئل عبر توزيع واسع. في حين أن E. alpestris كان محور العديد من الدراسات البيئية والتطورية، إلا أننا ما زلنا نفتقر إلى مجموعة جينوم متجاورة للغاية للقبرة المقرنة والأصناف ذات الصلة (Alaudidae). هنا، نقدم CLO_EAlp_1.0، وهو تجمع متجاور للغاية لـ E. alpestris تم توليده من عينة دم من طائر بري ذكر تم التقاطه في Altiplano Cundiboyacense في كولومبيا. من خلال الجمع بين المكتبات قصيرة الإدراج ومكتبات الأزواج مع خط أنابيب تجميع جينوم ALLPATHS - LG، أنشأنا مجموعة 1.04 جيجابايت تتكون من 2713 سقالة، مع أكبر حجم سقالة يبلغ 31.81 ميجابايت، وسقالة N50 تبلغ 9.42 ميجابايت، وسقالة L50 تبلغ 30. تم تجميع هذه السقالات من 23685 مجاور، مع أكبر حجم مجاور يبلغ 1.69 ميجابايت، و N50 مجاور يبلغ 193.81 كيلوبايت، و L50 مجاور لعام 1429. أنتج خط أنابيب التجميع الخاص بنا أيضًا اتصالًا واحدًا للحمض النووي للميتوكوندريا يبلغ 14.00 كيلو بايت. بعد تلميع الجينوم، حددنا 94.5 ٪ من تقويم العظام الجيني أحادي النسخة من مجموعة بيانات AVES و 97.7 ٪ من تقويم ...