ДНК «МИНИМАЛЬНЫХ» КЛЕТОК (МИКОПЛАЗМ) В МЕТАГЕНОМАХ ВЕЧНОЙ МЕРЗЛОТЫ

• Main Authors: ВИШНЯКОВ И.Е., БОРХСЕНИУС С.Н., КАЮМОВ А.Р., ШМАКОВА Л.А., РИВКИНА Е.М.
• Format: Text
• Language: unknown
• Published: Общество с ограниченной ответственностью Издательство Институт Стволовых Клеток Человека 2015
• Subjects: МИКОПЛАЗМЫ,МЕТАГЕНОМЫ,ВЕЧНАЯ МЕРЗЛОТА,"МИНИМАЛЬНАЯ" КЛЕТКА,ПЛАСТИЧНОСТЬ ГЕНОМА,ПАТОГЕННЫЙ ПОТЕНЦИАЛ,MYCOPLASMAS,METAGENOMES,PERMAFROST,"MINIMAL" CELL,GENOME PLASTICITY,PATHOGENIC POTENTIAL; Krona; permafrost; вечная мерзлота
• Online Access: http://cyberleninka.ru/article/n/dnk-minimalnyh-kletok-mikoplazm-v-metagenomah-vechnoy-merzloty; http://cyberleninka.ru/article_covers/16789554.png

В вечной мерзлоте в течение длительного геологического времени могут сохраняться ферменты, нуклеиновые кислоты, вирусы и жизнеспособные микроорганизмы. Сложно получить целостное представление о микробном сообществе многолетнемерзлых толщ, используя только классические микробиологические методы. Анализ метагеномов вечной мерзлоты позволил обнаружить генетический материал древних микоплазм патогенов человека, животных и растений. Отбор образцов, выделение тотальной ДНК из почвы, секвенирование (Illumina), обработка метагеномных данных (MG-RAST, M5nr, UniProt, Krona). Предсказан видовой состав микоплазм в почвенных образцах многолетнемерзлых отложений Арктики различного происхождения, но сопоставимого возраста (31-32 тыс. лет) Выполнен сравнительный анализ коротких полипептидов, кодируемых фрагментами древней ДНК, с участками белков современных микоплазм. Обсуждаются филогенетическая история Mollicutes, пластичность их генома и патогенный потенциал вечной мерзлоты During the long geological time enzymes, nucleic acids, viruses and viable microorganisms can be kept in permafrost. It is difficult to get a holistic view of the microbial community of permafrost using only classical microbiological methods. The analysis of metagenomes of permafrost allowed us to identify the genetic material of ancient mycoplasmas pathogens of humans, animals and plants Sampling, isolation of total DNA from soil, sequencing (Illumina), metagenomic data processing (MG-RAST, M5nr, UniProt, Krona). Mycoplasma species composition in permafrost soil samples of different origin, but of comparable age (31-32 thousand years), was predicted A comparative analysis of short polypeptides encoded by fragments of ancient DNA with corresponding parts of proteins of modern mycoplasmas was done We discuss the phylogenetic history of Mollicutes, the plasticity of mycoplasma genomes, and the pathogenic potential of the permafrost