ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ВИРУСОВ САХАЛИН (SAKV SAKHALIN VIRUS), ПАРА-МУШИР (PMRV PARAMUSHIR VIRUS) (BUNYAVIRIDAE, NAIROVIRUS, ГРУППА САХАЛИН) И РУКУТАМА (RUKV RUKUTAMA VIRUS) (BUNYAVIRIDAE, PHLEBOVIRUS, ГРУППА УКУНИЕМИ), ИЗОЛИРОВАННЫХ ОТ ОБЛИГАТНЫХ ПАРАЗИТОВ КОЛОНИАЛЬНЫХ МОРСКИХ ПТИЦ КЛЕЩЕЙ IXODES (CERATIXODES) URIAE, WHITE 1852 И I. SIGNATUS BIRULYA, 1895 В БАССЕЙНАХ ОХОТСКОГО И БЕРИНГОВА МОРЕЙ

• Main Authors: Львов, Дмитрий, Альховский, Сергей, Щелканов, Михаил, Щетинин, Алексей, Дерябин, Петр, Аристова, Валерия, Гительман, Ася, Самохвалов, Евгений, Ботиков, Андрей
• Format: Text
• Language: unknown
• Published: ОАО «Издательство «Медицина» 2014
• Subjects: ВИРУС САХАЛИН SAKV; ГРУППА САХАЛИН; ВИРУС ПАРАМУШИР PRMV; ВИРУС РУКУТАМА RUKV; ГРУППА УКУНИЕМИ; ВЫСОКИЕ ШИРОТЫ; КОЛОНИАЛЬНЫЕ МОРСКИЕ ПТИЦЫ; ПОЛНОГЕНОМНОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ; МЕТАГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ; SAKHALIN VIRUS (SAKV); PARAMUSHIR VIRUS (PRMV); RUKUTAMA VIRUS (RUKV); Argas; McCarthy; Sakhalin; Берингов*
• Online Access: http://cyberleninka.ru/article/n/geneticheskaya-harakteristika-virusov-sahalin-sakv-sakhalin-virus-para-mushir-pmrv-paramushir-virus-bunyaviridae-nairovirus-gruppa; http://cyberleninka.ru/article_covers/15806792.png

В работе впервые определены последовательности генома трех вирусов, два из которых Сахалин (SAKV Sakhalin virus; iD GenBank KF801659) и Парамушир (PRMV Paramushir virus; KF801656) входят в группу Сахалин в составе рода Nairovirus (Bunyaviridae). Уровень гомологии каталитического центра РНК-зависимой РНК-полимеразы (RdRp) нуклеотидных последовательностей PRMV и SAKV составляет около 81%, аминокислотных 98,5%. С другими наировирусами, для которых известна полная последовательность генома, SAKV обладает гомологией в среднем от 25% (белок нуклеокапсида N) до 50% (RdRp). При этом максимальный уровень гомологии (50,3% по RdRp) SAKV имеет с вирусами Крымской-Конго геморрагической лихорадки (CCHFV Crimean-Congo hemorrhagic fever virus), Дугбе (DUGV Dugbe virus) и болезни овец Найроби (NSDV Nairobi sheep disease), которые так же, как и SAKV, экологически связаны с иксодовыми клещами (Ixodidae). Третий вирус, изученный в данной работе, Рукутама (RUKV Rukutama virus; KF892052-KF892054) на основании антигенных и морфологических характеристик был ранее предварительно отнесен к роду Nairovirus, предположительно к группе Сахалин. Согласно результатам проведенного анализа полной последовательности генома RUKV является представителем рода Phlebovirus (Bunyaviridae). RUKV обладает высоким уровнем гомологии (93-95,5%) с ранее описанным новым флебовирусом Командоры (KOMV Komandory virus). RUKV и KOMV формируют отдельную филогенетическую ветвь в составе группы Укуниеми (UUKV Uukuniemi virus). Из флебовирусов данной группы RUKV и KOMV наиболее близки к вирусу Манава (MWAV Manawa virus), изолированному из клещей Argas abdussalami Hoogstraal et McCarthy, 1965 в Пакистане, и обладают с ним 65-74% гомологией. Full-length genomes of the Sakhalin virus (SAKH) and Paramushir virus (PRMV) (Sakhalin group, Nairovirus, Bunyaviridae) isolated from the ticks Ixodes uriae White 1852 were sequenced using the next-generation sequencing (Genbank iD: KF801659, KF801656). SAKV and PRMV have 81% identity for the part of RNA-dependent RNA-polymerase (RdRp) on the nucleotide level and 98.5% on the amino acid level. Full-length genome comparison shows that SAKV have, in average, from 25% (N-protein, S-segment) to 50% (RdRp, L-segment) similarity with the nairoviruses. The maximum value of the amino acid similarity (50.3% for RdRp) SAKV have with the Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (CCHFV) and Dugbe virus (DUGV), which are also associated with the Ixodidae ticks. Another virus studied is Rukutama virus (RUKV) (isolated from ticks I. signatus Birulya, 1895) that recently was classified (based on morphology and antigenic reaction) to the Nairovirus genus, presumably to the Sakhalin group. in this work the genome of the RUKV was sequenced (KF892052-KF892054) and RUKV was classified as a member of the Uukuniemi group (Phlebovirus, Bunyaviridae). RUKV is closely related (93.0-95.5% similarity) with our previously described Komandory virus (KOMV). RUKV and KoMv form separate phylogenetic line neighbor of Manawa virus (MWAV) isolated from the ticks Argas abdussalami Hoogstraal et McCarthy, 1965 in Pakistan. The value of the similarity between RUCV and MWAV is 65-74% on the amino acid level.