ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ИДЕНТИФИКАЦИЯ ХАНТАВИРУСА ХОККАЙДО (HOKV), ЦИРКУЛИРУЮЩЕГО СРЕДИ M. RUFOCANUS НА ТЕРРИТОРИИ ПРИБАЙКАЛЬЯ

• Main Authors: Яшина, Людмила, Данчинова, Галина, Серегин, Сергей, Хаснатинов, Максим, Янагихара, Р.
• Format: Text
• Language: unknown
• Published: ГУ Восточно-сибирский научный центр СО РАМН 2013
• Subjects: HANTAVIRUS,HOKKAIDO,MYODES RUFOCANUS,RUSSIA; Sakhalin; Siberia
• Online Access: http://cyberleninka.ru/article/n/geneticheskaya-identifikatsiya-hantavirusa-hokkaydo-hokv-tsirkuliruyuschego-sredi-m-rufocanus-na-territorii-pribaykalya; http://cyberleninka.ru/article_covers/15379129.png

Хантавирус Хоккайдо (HOKV) впервые был выявлен от красно-серых полевок Myodes rufocanus в Японии. Дальнейшие исследования выявили циркуляцию HOKV в популяциях M. rufocanus на территории Дальнего Востока России, Сахалина, Бурятии и Китая. Ткани от 68 полевок, отловленных в природных биотопах с южной и западной сторон озера Байкал, протестированы на наличие хантавирусного антигена методом ИФА. Ткани антиген-позитивных грызунов анализировали методом ОТ-ПЦР, таксономическая идентификация видов основана на филогенетическом анализе фрагмента последовательности гена цитохрома b. Хантавирусные последовательности Lи S-сегментов генома были выявлены от двух антиген-положительных полевок M. rufocanus из Тункинского района Республики Бурятия (южная сторона) и Ольхонского района Иркутской области (западная сторона). Анализ последовательностей показал, что новые изоляты принадлежат к двум различным генетическим вариантам HOKV Ранее неизвестный генетический вариант, названный Сибирь, был обнаружен у полевки, отловленной в Ольхонском районе. Второй генетический вариант Байкал, выявленный в Тункинском районе был близок к ранее описанному изоляту из того же региона. Показано, что уровни различия нуклеотидных и кодируемых аминокислотных последовательностей двух изолятов составили l8,4 % и 5,3 % для фрагмента L-сегмента и 17,4 % и 3,5 % для фрагмента S-сегмента. Различие последовательностей генома новых изолятов в сравнении с изолятами HOKV из географически удаленных регионов составило 17,4-21,5 и 3,9-6,8 % для фрагмента L-сегмента и 15,2-17,0 и 3,3-4,0 % для фрагмента S-сегмента, соответственно. На филогенетическом дереве, полученном на основе нуклеотидных последовательностей фрагмента L-сегмента генома длиной 346 нуклеотидных остатков, изоляты HOKV из Японии и России формировали четыре ветви. Эти ветви представлены ранее известными ветвями Япония (изоляты Kitahiyama128L/2008, Tobetsu35L/2010 и Sakhalin99L/1998 из Японии и Сахалина) и Шкотово (изолят Khekhtsir37L/2002 с Дальнего Востока России) и новыми ветвями Байкал и Сибирь. При сравнительном анализе N белка изолятов HOKVиз разных географических регионов установлены маркерные аминокислотные остатки: Lys 5, Arg 26, Val/Ile 68, Val/Ala 9 He 262, Pro 283. Hokkaido hantavirus (HOKV) identified originally in the grey red-backed vole (Myodes rufocanus) in Hokkaido, Japan. Subsequent studies showed different genetic lineages of HOKV in Sakhalin, Buryatia and Far Eastern regions of Russia and in China. Tissuesfrom 68 arvicolid rodents, captured in regions south and west of Baikal Lake, were initially tested for hantaviral antigen by ELISA, and tissues from antigen-positive rodents were analyzed for hantavirus RNA by RT-PCr. Taxonomic identification of host species was based on phylogenetic analysis of partial cytochrome b gene sequences. Hantavirus Land S-segment sequences were detected in two antigen-positive M. rufocanus, from the Tunka region of Buryatia Republic (south side) and the Olhon region of Irkutsk Oblast (west side). Sequence analysis showed that the newfound hantavirus strains, designated Baikal and Siberia, represented genetic variants of HOKV Previously unknown genetic variant designated Siberia was identified in M. rufocanus captured in Olhon region. Second genetic variant from Tunka region, designated Baikal, was closely related to previously described hantavirus strain from the same region. Alignment and comparison of the nucleotide and amino acid sequences showed intra-strain differences of 18,4 % and 5,3 % for the L segment and 17,4 % and 3,5 % for the S segment, respectively. Sequence divergence from geographically distant HOKV strains were 17,4-21,5 % and 3,9-6,8 % for the L segment and 15,2-17,0 % and 3,3-4,0 % for the S segment, respectively. Phylogenetic analysis, based on a 346-nucleotide region of the L segment, revealed four lineages represented by previously reported variants from Japan and Sakhalin (strains Kitahiyama128L/2008, Tobetsu35L/2010 and Sakhalin99L/1998), Shkotovo in Far-Eastern Russia (strain Khekhtsir37L/2002) and the new variants from Baikal Lake. Analysis of the N protein, coding by the S segment, identified specific amino acid signatures for YJRV of Lys 5, Arg 26, Val/Ile 68, Val/Ala 9 He 262, Pro 283. Conclusions: HOKV is widespread across the geographic range of its arvicolid rodent reservoir host.