长牡蛎基因区SNP标记规模开发及其在遗传育种研究中的应用

• Main Author: 王家丰
• Other Authors: 张国范
• Format: Other/Unknown Material
• Language: Chinese
• Published: 2012
• Subjects: 长牡蛎; Snp; Hrm; 连锁图谱; 遗传育种; 种质鉴定; Crassostrea gigas
• Online Access: http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/17728

牡蛎（Oyster）属软体动物门，瓣鳃纲，牡蛎科，广泛分布于亚洲、美洲、欧洲以及澳洲等世界各海域。牡蛎具有重要的生态和经济价值，也是研究得最为全面深入的海洋贝类之一，特别是随着牡蛎全基因组测序的完成，其逐步成为海洋贝类研究的模式种。我国于20世纪80年代开始人工养殖长牡蛎（Crassostrea gigas），现已成为我国重要的海水养殖贝类。自从二十世纪以来，养殖长牡蛎经常受夏季大规模死亡，经济性状性能衰退等原因影响，造成长牡蛎养殖生产损失较大。培育高产、抗逆、质优的牡蛎一直是牡蛎产业和育种研究的重要目标。 随着分子生物学与基因组学的发展，牡蛎的育种研究也正在经历由传统的选择、杂交育种到基于基因组信息的分子育种的转变。基于基因组的分子育种核心内容是对基因型和表型多态性的研究，其中单核苷酸多态性（SNP）因其分布广（尤其是在基因区也有分布）、可实现高通量检测等优点，逐渐成为基因型检测的重要工具。通过牡蛎全基因组测序和转录组测序，我们对牡蛎基因组SNP和多态性进行了系统筛查评估，本研究以长牡蛎全基因组序列为参考，利用三个海区的长牡蛎转录组数据获得长牡蛎基因表达区的SNP位点信息，并结合高分辨率熔解曲线技术（HRM）构建一套适合于长牡蛎高杂合基因组特点的高通量SNP标记开发平台。利用该平台成功开发了长牡蛎基因区SNP标记1329个，分型效率达到65.2%。在获得分型的SNP标记中84%是转换类型，其中包括R 32.5%，Y 35.8%，K 7%，M 9%，另外还有16%为颠换类型，其中包括W 10%，S 6%。通过SNP标记的引物序列信息将开发的SNP标记在长牡蛎全基因组Scaffold上进行一一定位，发现上述所有SNP标记覆盖长牡蛎基因组中653个Scaffold，占整个基因组所有Scaffold的38.1%。在基因组数据上的进一步研究发现，所获得的SNP标记分布于864个基因上，这些基因涉及197个Kegg注释通路，其中包括代谢、应激、免疫、抗逆、调节、生殖以及机体构成等方面，几乎涵盖长牡蛎整个生命活动的所有组成部分。这些标记的开发为牡蛎重要性状的基因解析以及基因功能的验证提供了有力工具。 长牡蛎基因预测结果显示：长牡蛎HSP70家族呈现扩张状态，推测可能与长牡蛎对潮间带多变生活环境的适应相关。此外，高温也被证实是长牡蛎夏季死亡的一个重要因素。本研究根据长牡蛎基因组中预测的HSP70家族基因的88个成员的序列信息为依据，在上述转录组数据中获取相应的转录序列，并以此为参考开发HSP基因中的SNP标记，共获得43个可以正确分型的SNP标记。以青岛神汤沟海区的长牡蛎自然群体为材料，采取人工控制高温刺激的手段将受试牡蛎材料分为热刺激敏感群组和热刺激耐受群组。利用上述平台检测43个HSP70基因中的SNP标记在群体中的分离情况，统计分析其等位基因以及基因型的分离比例并进行高温抗逆相关性分析。发现2个位于HSP70基因中的SNP标记与高温抗逆具有显著相关性（p<0.05），其中一个标记（SNP863）的等位基因频率与高温抗逆表现出极显著相关性(p<0.01)。这说明该基因中标记的等位基因频率及基因型频率与长牡蛎感受高温刺激以及其高温耐受能力密切相关。这两个SNP标记的突变类型均为Y（C/T），SNP809标记在高温抗逆性群组中等位基因T以及基因型TT出现的频率更高，分别为64.70%、35.30%，而其高温敏感性群组中分别为40.60%、17.20%；然而在SNP863标记中等位基因C与基因型CC在高温抗逆性群组中出现的频率却占据了绝对优势分别为90.60%、81.2%，而其高温敏感性群组中分别为64.8%、42.2%，甚至在高温抗逆群组中根本没有出现TT基因型。这表明这两个SNP标记位点所在的基因在长牡蛎高温抗逆过程中可能有重要作用，并且其等位基因型和基因型与长牡蛎热刺激耐受相关。该结果为长牡蛎高温抗逆机制的进一步研究找到良好的切入点，也为长牡蛎抗高温新品种的选育方法的建立奠定了良好的基础。 ...