长牡蛎（Crassostrea gigas）EST串联重复序列的组成和分布

长牡蛎（Crassostrea gigas）串联重复序列分析研究较少，为了研究其在基因组转录本的基本结构特征并为长牡蛎中遗传多样性研究中提供有益的信息，利用NCBI公共数据库中的57139条长牡蛎ESTs序列对串联重复序列结构类型、分布、丰度等进行系统比较分析。分析结果表明：1）长牡蛎EST中共有小卫星串联重复序列8392个，在大于100bp重复类型中，162～167bp含量最高；2）长牡蛎ESTSSR含量丰富，1954个位点是EST-SSR标记开发的候选资源；3）EST-SSR重复数目和重复类型在5’UTR，CDS和3＇UTR具有显著差异，CDS区承受更大的选择压力。...

Full description

Bibliographic Details
Main Authors: 张琳琳, 李莉, 张国范
Format: Report
Language:Chinese
Published: 2011
Subjects:
长牡蛎（Crassostrea
gigas）
EST
串联重复序列
SSR
选择压力
Pacific
Crassostrea gigas
Pacific oyster
Online Access:http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/174723
Description
Summary:长牡蛎（Crassostrea gigas）串联重复序列分析研究较少，为了研究其在基因组转录本的基本结构特征并为长牡蛎中遗传多样性研究中提供有益的信息，利用NCBI公共数据库中的57139条长牡蛎ESTs序列对串联重复序列结构类型、分布、丰度等进行系统比较分析。分析结果表明：1）长牡蛎EST中共有小卫星串联重复序列8392个，在大于100bp重复类型中，162～167bp含量最高；2）长牡蛎ESTSSR含量丰富，1954个位点是EST-SSR标记开发的候选资源；3）EST-SSR重复数目和重复类型在5’UTR，CDS和3＇UTR具有显著差异，CDS区承受更大的选择压力。

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