长牡蛎17个fosmid-SSR标记的开发与分析
研究所用序列由长牡蛎fosmid文库末端测序获得。首先用TRF程序扫描序列获得一批重复单元为2碱基的候选SSR位点,然后在部分SSR序列两侧的保守区设计50对引物,对取自山东青岛的一个长牡蛎野生群体进行基因型分析。结果显示,共有17个SSR位点显示多态性,等位基因数(Na)平均为4,有效等位基因数(Ne)平均为2.82,平均杂合度观测值(Ho)和期望值(He)分别为0.395 9和0.628 8。其中,11个位点的多态信息含量(PIC)值均大于0.5,共有49个等位基因,适合对长牡蛎群体遗传结构的分析;6个位点0.25〈PIC〈0.5,为中度多态位点。χ2检验估计Hardy-Weinberg平...
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ftchinacasciocas:oai:ir.qdio.ac.cn:337002/173276 2023-05-15T15:59:04+02:00 长牡蛎17个fosmid-SSR标记的开发与分析 Development and analysis of 17 SSR from Crassostrea gigas fosmid database 李慧娟 亓海刚 李莉 闫喜武 张国范 2011-01-01 http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/173276 中文 chi 水产学报 http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/173276 长牡蛎 简单重复序列 基因组 遗传多样性 期刊论文 2011 ftchinacasciocas 2022-06-27T05:44:57Z 研究所用序列由长牡蛎fosmid文库末端测序获得。首先用TRF程序扫描序列获得一批重复单元为2碱基的候选SSR位点,然后在部分SSR序列两侧的保守区设计50对引物,对取自山东青岛的一个长牡蛎野生群体进行基因型分析。结果显示,共有17个SSR位点显示多态性,等位基因数(Na)平均为4,有效等位基因数(Ne)平均为2.82,平均杂合度观测值(Ho)和期望值(He)分别为0.395 9和0.628 8。其中,11个位点的多态信息含量(PIC)值均大于0.5,共有49个等位基因,适合对长牡蛎群体遗传结构的分析;6个位点0.25〈PIC〈0.5,为中度多态位点。χ2检验估计Hardy-Weinberg平衡,经Sequential Bonferroni校正后,除DEC_1以外,其他位点仍偏离平衡。将SSR附近10 000 bp内基因组预测的编码蛋白通过与NCBI的nr库blastp分析,共有13条微卫星序列获得连锁的相关基因功能注释。 Report Crassostrea gigas Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences: IOCAS-IR |
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研究所用序列由长牡蛎fosmid文库末端测序获得。首先用TRF程序扫描序列获得一批重复单元为2碱基的候选SSR位点,然后在部分SSR序列两侧的保守区设计50对引物,对取自山东青岛的一个长牡蛎野生群体进行基因型分析。结果显示,共有17个SSR位点显示多态性,等位基因数(Na)平均为4,有效等位基因数(Ne)平均为2.82,平均杂合度观测值(Ho)和期望值(He)分别为0.395 9和0.628 8。其中,11个位点的多态信息含量(PIC)值均大于0.5,共有49个等位基因,适合对长牡蛎群体遗传结构的分析;6个位点0.25〈PIC〈0.5,为中度多态位点。χ2检验估计Hardy-Weinberg平衡,经Sequential Bonferroni校正后,除DEC_1以外,其他位点仍偏离平衡。将SSR附近10 000 bp内基因组预测的编码蛋白通过与NCBI的nr库blastp分析,共有13条微卫星序列获得连锁的相关基因功能注释。 |
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