长牡蛎17个fosmid-SSR标记的开发与分析

研究所用序列由长牡蛎fosmid文库末端测序获得。首先用TRF程序扫描序列获得一批重复单元为2碱基的候选SSR位点,然后在部分SSR序列两侧的保守区设计50对引物,对取自山东青岛的一个长牡蛎野生群体进行基因型分析。结果显示,共有17个SSR位点显示多态性,等位基因数（Na）平均为4,有效等位基因数（Ne）平均为2.82,平均杂合度观测值（Ho）和期望值（He）分别为0.395 9和0.628 8。其中,11个位点的多态信息含量（PIC）值均大于0.5,共有49个等位基因,适合对长牡蛎群体遗传结构的分析;6个位点0.25〈PIC〈0.5,为中度多态位点。χ2检验估计Hardy-Weinberg平...

Full description

Bibliographic Details
Main Authors: 李慧娟, 亓海刚, 李莉, 闫喜武, 张国范
Format: Report
Language:Chinese
Published: 2011
Subjects:
长牡蛎
简单重复序列
基因组
遗传多样性
Crassostrea gigas
Online Access:http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/173276
Description
Summary:研究所用序列由长牡蛎fosmid文库末端测序获得。首先用TRF程序扫描序列获得一批重复单元为2碱基的候选SSR位点,然后在部分SSR序列两侧的保守区设计50对引物,对取自山东青岛的一个长牡蛎野生群体进行基因型分析。结果显示,共有17个SSR位点显示多态性,等位基因数（Na）平均为4,有效等位基因数（Ne）平均为2.82,平均杂合度观测值（Ho）和期望值（He）分别为0.395 9和0.628 8。其中,11个位点的多态信息含量（PIC）值均大于0.5,共有49个等位基因,适合对长牡蛎群体遗传结构的分析;6个位点0.25〈PIC〈0.5,为中度多态位点。χ2检验估计Hardy-Weinberg平衡,经Sequential Bonferroni校正后,除DEC_1以外,其他位点仍偏离平衡。将SSR附近10 000 bp内基因组预测的编码蛋白通过与NCBI的nr库blastp分析,共有13条微卫星序列获得连锁的相关基因功能注释。

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