Are 45 years of reproductive isolation enough to prevent the amplification of mitochondrial genes in the Pacific oyster?

• Main Authors: Reynaga-Franco, Felipe, Grijalva-Chon, José Manuel, Chávez-Villalba, Jorge Eduardo, Castro-Longoria, Reina, Arreola-Lizárraga, José Alfredo, Barraza-Guardado, Ramón Héctor
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: English
• Published: Zenodo 2019
• Subjects: Crassostrea gigas; Aquaculture; Oyster culture; mitochondrial DNA; Population genetics; Acuacultura; Ostricultura; ADN mitochondrial; Genética de poblaciones; Pacific oyster
• Online Access: https://doi.org/10.5281/zenodo.5165639

ABSTRACT | The Pacific oyster culture in Mexico began 45 years ago, first with spat imported from the USA and now with spat produced in several local hatcheries. Oyster farmers do not know the parameters that define the quality of the spat they buy, among them the level of genetic variability available in the lots offered. In order to evaluate and compare the genetic variability in spat produced by four Mexican hatcheries, an attempt was made to amplify and sequence the non-coding region and the ND5 gene of the oyster mitochondrial DNA with oligos reported in the scientific literature. The amplification of the non-coding region was not possible due to the bad design of the oligos. Despite the integrity of the extracted oyster DNA, the ND5 gene was not able to be amplified possibly due to the modification of the oligo recognition site in the gene. The generational separation of the oyster cultivated in Mexico from its original source population makes it necessary to obtain new mitochondrial sequences in order to design new oligos suitable for the populations established in Mexico. RESUMEN | El cultivo del ostión del Pacífico en México inició hace 45 años, primero con semilla importada de los EUA y ahora con semilla producida en laboratorios locales. Los ostricultores no conocen los parámetros que definen la calidad de la semilla que ellos compran, como el nivel de la variabilidad genética disponible en los lotes ofertados. Con el fin de evaluar y comparar la variabilidad genética de la semilla producida en cuatro laboratorios mexicanos, se hizo un intento de amplificar y secuenciar la región no codificante y el gen ND5 mitocondriales del ostión con oligos reportados en la literatura científica. La amplificación de la región no codificante no fue posible debido al mal diseño de los oligos. A pesar de la integridad del ADN extraído de los ostiones, el gen ND5 no pudo ser amplificado debido posiblemente a la modificación del sitio de reconocimiento del oligo en ese gen. La separación generacional del ostión ...