Секвенирование последовательностей rbcL и ITS2 антарктических растений для определения возможности их использования в ДНК-штрихкодировании
Оптимизирована методика выделения суммарной ДНК для ряда растений Антарктики культивируемых in vitro. Изучена возможность использования применяемых в ДНК-штрихкодировании праймеров для амплификации участков хлоропластной и ядерной ДНК (trnH-psbA, rbcL, ITS2, ITS) растений Антарктики Decshampsia anta...
Main Authors: | , , , , |
---|---|
Format: | Article in Journal/Newspaper |
Language: | Russian |
Published: |
Національний антарктичний науковий центр МОН України
2012
|
Subjects: | |
Online Access: | http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/129459 |
id |
ftvarnadskynl:oai:dspace.nbuv.gov.ua:123456789/129459 |
---|---|
record_format |
openpolar |
spelling |
ftvarnadskynl:oai:dspace.nbuv.gov.ua:123456789/129459 2023-05-15T13:38:58+02:00 Секвенирование последовательностей rbcL и ITS2 антарктических растений для определения возможности их использования в ДНК-штрихкодировании Дуплий, В.П. Матвеева, Н.А. Шаховский, А.М. Кищенко, Е.М. Курбатова, Л.Е. 2012 http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/129459 ru rus Національний антарктичний науковий центр МОН України Український антарктичний журнал Біологічні дослідження Article 2012 ftvarnadskynl 2018-01-23T00:14:33Z Оптимизирована методика выделения суммарной ДНК для ряда растений Антарктики культивируемых in vitro. Изучена возможность использования применяемых в ДНК-штрихкодировании праймеров для амплификации участков хлоропластной и ядерной ДНК (trnH-psbA, rbcL, ITS2, ITS) растений Антарктики Decshampsia antarctica E. Desv., Colobanthus quitensis (Kunth) Bartl., Warnstorfia fontinaliopsis (Müll.Hal.) Ochyra, Bryum pseudotriquetrum (Hedw.) G. Gaertn., B. Mey. & Scherb., Bryum archangelicum Bruch & Schimp. (2 образца), Pohlia nutans (Hedw.) Lindb. Показано, что праймеры, специфичные к гену rbcL и межгенному спейсеру ITS2, могут быть использованы в ДНК- штрихкодировании как для сосудистых растений, так и для мохообразных Антарктики. Секвенированы амплифицированные участки гена rbcL и межгенного спейсера ITS2, по сиквенсам этих участков один из исследуемых образцов был определен с точностью до вида, а три образца – с точностью до рода. Оптимізовано методику виділення загальної ДНК для ряду рослин Антарктики, що культивуються in vitro. Вивчено можливість застосування відповідних праймерів для ампліфікації ділянок хлоропластної і ядерної ДНК (trnH-psbA, rbcL, ITS2, ITS) рослин Антарктики Decshampsia antarctica E. Desv., Colobanthus quitensis (Kunth) Bartl., Warnstorfia fontinaliopsis (Müll.Hal.) Ochyra, Bryum pseudotriquetrum (Hedw.) G. Gaertn., B. Mey. & Scherb., Bryum archangelicum Bruch & Schimp. (2 зразки), Pohlia nutans (Hedw.) Lindb. з метою подальшого використання цих ділянок для ДНК- штрихкодування. Показано, що зазначені праймери можуть бути використані для ампліфікації гена rbcL та міжгенного спейсера ITS2 як судинних рослин, так і мохоподібних Антарктики. Секвеновано ампліфіковані ділянки гена rbcL та міжгенного спейсера ITS2, за сіквенсами цих ділянок один з досліджуваних зразків було визначено до виду, а три – до роду. The extraction technique of total DNA of Antarctic plants cultivated in vitro was optimized. The possibility of application of used in DNA barcoding primers for amplification of chloroplast and nuclear DNA (trnH-psbA, rbcL, ITS2, ITS) of Antarctic plants such as Decshampsia antarctica E. Desv., Colobanthus quitensis (Kunth) Bartl., Warnstorfia fontinaliopsis (Müll.Hal.) Ochyra, Bryum pseudotriquetrum (Hedw.) G. Gaertn., B. Mey. & Scherb., Bryum archangelicum Bruch & Schimp. (2 samples), Pohlia nutans (Hedw.) Lindb. was investigated. It was shown that primers for rbcL gene and intergenic spacer ITS2 can be used in DNA barcoding both Vascular plants and Bryophyta of Antarctica. After the sequence analysis of rbcL and ITS2 one sample has been determined to within a species, and three samples to within a genus. Article in Journal/Newspaper Antarc* Antarctic Antarctica Vernadsky National Library of Ukraine: DSpace Antarctic |
institution |
Open Polar |
collection |
Vernadsky National Library of Ukraine: DSpace |
op_collection_id |
ftvarnadskynl |
language |
Russian |
topic |
Біологічні дослідження |
spellingShingle |
Біологічні дослідження Дуплий, В.П. Матвеева, Н.А. Шаховский, А.М. Кищенко, Е.М. Курбатова, Л.Е. Секвенирование последовательностей rbcL и ITS2 антарктических растений для определения возможности их использования в ДНК-штрихкодировании |
topic_facet |
Біологічні дослідження |
description |
Оптимизирована методика выделения суммарной ДНК для ряда растений Антарктики культивируемых in vitro. Изучена возможность использования применяемых в ДНК-штрихкодировании праймеров для амплификации участков хлоропластной и ядерной ДНК (trnH-psbA, rbcL, ITS2, ITS) растений Антарктики Decshampsia antarctica E. Desv., Colobanthus quitensis (Kunth) Bartl., Warnstorfia fontinaliopsis (Müll.Hal.) Ochyra, Bryum pseudotriquetrum (Hedw.) G. Gaertn., B. Mey. & Scherb., Bryum archangelicum Bruch & Schimp. (2 образца), Pohlia nutans (Hedw.) Lindb. Показано, что праймеры, специфичные к гену rbcL и межгенному спейсеру ITS2, могут быть использованы в ДНК- штрихкодировании как для сосудистых растений, так и для мохообразных Антарктики. Секвенированы амплифицированные участки гена rbcL и межгенного спейсера ITS2, по сиквенсам этих участков один из исследуемых образцов был определен с точностью до вида, а три образца – с точностью до рода. Оптимізовано методику виділення загальної ДНК для ряду рослин Антарктики, що культивуються in vitro. Вивчено можливість застосування відповідних праймерів для ампліфікації ділянок хлоропластної і ядерної ДНК (trnH-psbA, rbcL, ITS2, ITS) рослин Антарктики Decshampsia antarctica E. Desv., Colobanthus quitensis (Kunth) Bartl., Warnstorfia fontinaliopsis (Müll.Hal.) Ochyra, Bryum pseudotriquetrum (Hedw.) G. Gaertn., B. Mey. & Scherb., Bryum archangelicum Bruch & Schimp. (2 зразки), Pohlia nutans (Hedw.) Lindb. з метою подальшого використання цих ділянок для ДНК- штрихкодування. Показано, що зазначені праймери можуть бути використані для ампліфікації гена rbcL та міжгенного спейсера ITS2 як судинних рослин, так і мохоподібних Антарктики. Секвеновано ампліфіковані ділянки гена rbcL та міжгенного спейсера ITS2, за сіквенсами цих ділянок один з досліджуваних зразків було визначено до виду, а три – до роду. The extraction technique of total DNA of Antarctic plants cultivated in vitro was optimized. The possibility of application of used in DNA barcoding primers for amplification of chloroplast and nuclear DNA (trnH-psbA, rbcL, ITS2, ITS) of Antarctic plants such as Decshampsia antarctica E. Desv., Colobanthus quitensis (Kunth) Bartl., Warnstorfia fontinaliopsis (Müll.Hal.) Ochyra, Bryum pseudotriquetrum (Hedw.) G. Gaertn., B. Mey. & Scherb., Bryum archangelicum Bruch & Schimp. (2 samples), Pohlia nutans (Hedw.) Lindb. was investigated. It was shown that primers for rbcL gene and intergenic spacer ITS2 can be used in DNA barcoding both Vascular plants and Bryophyta of Antarctica. After the sequence analysis of rbcL and ITS2 one sample has been determined to within a species, and three samples to within a genus. |
format |
Article in Journal/Newspaper |
author |
Дуплий, В.П. Матвеева, Н.А. Шаховский, А.М. Кищенко, Е.М. Курбатова, Л.Е. |
author_facet |
Дуплий, В.П. Матвеева, Н.А. Шаховский, А.М. Кищенко, Е.М. Курбатова, Л.Е. |
author_sort |
Дуплий, В.П. |
title |
Секвенирование последовательностей rbcL и ITS2 антарктических растений для определения возможности их использования в ДНК-штрихкодировании |
title_short |
Секвенирование последовательностей rbcL и ITS2 антарктических растений для определения возможности их использования в ДНК-штрихкодировании |
title_full |
Секвенирование последовательностей rbcL и ITS2 антарктических растений для определения возможности их использования в ДНК-штрихкодировании |
title_fullStr |
Секвенирование последовательностей rbcL и ITS2 антарктических растений для определения возможности их использования в ДНК-штрихкодировании |
title_full_unstemmed |
Секвенирование последовательностей rbcL и ITS2 антарктических растений для определения возможности их использования в ДНК-штрихкодировании |
title_sort |
секвенирование последовательностей rbcl и its2 антарктических растений для определения возможности их использования в днк-штрихкодировании |
publisher |
Національний антарктичний науковий центр МОН України |
publishDate |
2012 |
url |
http://dspace.nbuv.gov.ua/handle/123456789/129459 |
geographic |
Antarctic |
geographic_facet |
Antarctic |
genre |
Antarc* Antarctic Antarctica |
genre_facet |
Antarc* Antarctic Antarctica |
op_relation |
Український антарктичний журнал |
_version_ |
1766113425306419200 |