Deteção de vírus de excreção fecal em pinípedes de coleções zoológicas

• Main Author: António, Ana Catarina Fogaça Esteves
• Other Authors: Flanagan, Carla Anne, Duarte, Ana Isabel Simões Pereira
• Format: Master Thesis
• Language: Portuguese
• Published: Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina Veterinária 2017
• Subjects: Astrovírus; sapovírus; bocavírus; pinípedes; zoológico; astrovirus; sapovirus; bocavirus; pinnipeds; zoological; Foca; Focas; Sob’; harbour seal; Phoca vitulina
• Online Access: http://hdl.handle.net/10400.5/13067

Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina Veterinária As recentes técnicas de sequenciação genómica têm permitido aumentar o conhecimento acerca do viroma fecal dos pinípedes, sem contudo estar ainda esclarecida a sua associação ou não a eventos de doença, prevalência em diferentes populações, e distribuição no ambiente aquático. O presente trabalho laboratorial teve como principal objetivo a realização de um rastreio de vírus de excreção fecal, designadamente astrovírus, sapovírus e bocavírus através da amplificação de sequências nucleotídicas específicas por PCR convencional, em duas coleções zoológicas de pinípedes: do Zoomarine, no Algarve, e do Aquário Vasco da Gama, em Lisboa. De uma população de 19 pinípedes de 4 espécies [8 otárias sul-africanas (Arctocephalus pusillus pusillus), 6 leões-marinhos californianos (Zalophus californianus), 4 focas comuns (Phoca vitulina) e 1 foca cinzenta (Halichoerus grypus)] obtiveram-se 3 sequências positivas a astrovírus (15.7%) cuja especificidade foi confirmada através de uma análise BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). Estas sequências foram obtidas através da utilização de primers que flanqueiam regiões conservadas da RdRp, a polimerase viral, codificada pelo domínio da ORF1b dos astrovírus, pela técnica de RTsn-PCR. A análise filogenética de 41 sequências aminoacídicas representativas dos dois géneros taxonómicos virais revelou que as sequências obtidas formaram um agrupamento independente com um valor de bootstrap estatisticamente robusto (96%). Este trabalho representa o primeiro relato da deteção de astrovírus em amostras fecais das espécies otária sul-africana (Arctocephalus pusillus pusillus) e foca comum (Phoca vitulina) a nível mundial e em ambiente zoológico, tendo ainda promovido a realização de estudos epidemiológicos sobre agentes virais em populações de mamíferos marinhos mantidos sob cuidados humanos. ABSTRACT - Virus detection in faecal samples of pinnipeds in a zoological context - Recent techniques of genomic sequencing have increased the knowledge regarding the faecal viroma of pinnipeds. However, its association with disease events, prevalence in different populations and distribution in the aquatic environment are not fully characterized. In order to collect information regarding faecal viruses in pinnipeds, faecal samples from two zoological collections: Zoomarine, in Algarve, and Vasco da Gama Aquarium, in Lisbon, were collected and a molecular survey for astrovirus, sapovírus and bocavírus was conducted by conventional PCR. From a total of 19 pinnipeds of 4 different species [8 Cape fur seals (Arctocephalus pusillus pusillus), 6 California sea lions (Zalophus californianus), 4 Harbour seals (Phoca vitulina) and 1 Grey seal (Halichoerus grypus)], 3 positive samples for astrovirus were identified (15.7%) and the specificity of the amino-acidic sequences was compared by BLAST analysis (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). Primers targeting the conserved regions of astrovirus RdRp, the viral polymerase, encoded by the ORF1b domain were used in a RT-snPCR assay. The phylogenetic analysis of 41 amino-acidic sequences representative of the two taxonomic genera, revealed an independent cluster of the Portuguese sequences with a significant bootstrap value (96%). This work presents the first report of astrovirus detection on faecal samples from Cape fur seal (Arctocephalus pusillus pusillus) and Harbour seal (Phoca vitulina) species, in a global level and in a zoological context. It also prompted to future epidemiological studies regarding viral pathogens in marine mammal populations under human care. N/A