Determinación de la diversidad de actinomicetes aislados de ecosistemas glaciares de los Andes y la Antártida

• Main Author: Chamorro Sevilla, María Belén
• Other Authors: Rodríguez Meza, Carlos Alberto
• Format: Bachelor Thesis
• Language: Spanish
• Published: Universidad Técnica de Ambato. Facultad de Ciencia e Ingeniería en Alimentos. Carrera de Ingeniería Bioquímica 2019
• Subjects: MICROBIOLOGÍA; FILOGENIA MICROBIANA; CARACTERIZACIÓN FENOTÍPICA; CARACTERIZACIÓN GENOTÍPICA; TAXONOMÍA POLIFÁSICA; ECOSISTEMAS GLACIARES; ACTINOMICETES; Antarc*; Antarctica; Antártida
• Online Access: http://repositorio.uta.edu.ec/jspui/handle/123456789/29731

Se identificaron molecularmente 152 cepas de actinomicetes aisladas de ecosistemas fríos de la Antártida, Cotopaxi y Chimborazo. A través de la amplificación de los patrones de fingerprinting por rep-PCR, utilizando el primer BOX A1R1, se logró construir el dendrograma genotípico generado mediante el coeficiente de Pearson y el algoritmo UPGMA, obteniendo 23 grupos-especie. El análisis filogenético del gen del ADNr 16S fue construido mediante el cálculo de las distancias evolutivas de Jukes & Cantor y el algoritmo de Neighbour – Joining. Se logró identificar 4 especies diferentes, que pertenecieron al género Streptomyces, mientras que la cepa DE-067 estuvo asociada al género Nocardia. Por otra parte, mediante la caracterización fenotípica se determinó que la mayoría de las cepas de este estudio resultaron ser mesófilas, halófilas débiles y neutrotolerantes. Además, poseen una gran capacidad de metabolizar aminoácidos como fuente de carbono y nitrógeno. Con los resultados obtenidos, se construyó el dendrograma fenotípico mediante el coeficiente SSM y el algoritmo UPGMA, determinando 23 grupos-especie a un 89 por ciento de similitud. Posteriormente, se realizó la identificación molecular de la colección mediante el gen del ADNr 16S, con las cepas que compartían patrones de fingerprinting similares a las especies identificadas. Logrando posicionar taxonómicamente a 87 cepas, en 14 grupos-especie al 80 por ciento de similitud. Como es evidente, se necesita complementar los resultados obtenidos en este estudio, mediante la identificación molecular de las cepas que no se secuenciaron, para conocer con certeza la diversidad de actinomicetes en la colección. Were identified 152 strains of actinomycetes molecularly isolated from cold ecosystems of Antarctica, Cotopaxi and Chimborazo. Through the amplification of the fingerprinting patterns by rep-PCR, using the first BOX A1R1, I was able to construct the genotypic dendrogram generated by the Pearson coefficient and the UPGMA algorithm, obtaining 23 species-groups. The phylogenetic analysis of the 16S rDNA gene was constructed by calculating the evolutionary distances of Jukes & Cantor and the Neighbor - Joining algorithm. It was possible to identify 4 different species, which belonged to the genus Streptomyces, while the strain DE-067 was associated to the genus Nocardia. On the other hand, by phenotypic characterization it was determined that most of the strains of this study were mesophilic, weak halophilic and neutrotolerant. In addition, they have a great ability to metabolize amino acids as a source of carbon and nitrogen. With the obtained results, the phenotypic dendrogram was constructed by the SSM coefficient and the UPGMA algorithm, determining 23 species-groups at 89 percent similarity. Subsequently, the molecular identification of the collection was carried out using the 16S rDNA gene, with the strains that shared fingerprinting patterns like the identified species. Achieving taxonomically position 87 strains, in 14 groups-species at 80 percent similarity. As it is evident, it is necessary to complement the results obtained in this study, by means of the molecular identification of the strains that were not sequenced, to know with certainty the diversity of actinomycetes in the collection.