Entwicklung und Anwendung einer flexiblen Dockingmethode für Enzyme und Substrate : Substrate-imprinted Docking

• Main Author: Juhl, Benjamin
• Other Authors: Pleiss, Jürgen (Prof. Dr.)
• Format: Doctoral or Postdoctoral Thesis
• Language: German
• Published: 2011
• Subjects: Docking; Docking protein; Biokatalyse; Biokonversion; Candida antarctica; Biopolymere; Proteindesign; Lipasen; Dianhydrohexite; 570; Molekulares Docking; Lipase Engineering Database; Antarc*; Antarctica
• Online Access: https://doi.org/10.18419/opus-1329; http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:93-opus-62619; http://elib.uni-stuttgart.de/handle/11682/1346

Die hier vorgestellte Arbeit befasst sich mit der Entwicklung und Anwendung einer flexiblen Dockingmethode für Enzyme und Substrate: Substrate-imprinted Docking. Die Methode wurde ausgehend von dem Programm FlexX entwickelt, mittels Literaturdaten evaluiert und dazu verwendet, Candida antarctica Lipase B Varianten mit veränderter Substratspezifität zu entwickeln, sowie experimentell beobachtete Substratspezifitäten auf molekularer Ebene zu erklären. Um die Anwendung dieser neuen Technik auf die Familie der alpha/beta-Hydrolasen zu unterstützen wurde die Lipase Engineering Database aktualisiert und erweitert. The aim of this work was to develope, update, and apply new digital tools and ressources with a special focus on the family of alpha/beta-hydrolases. This includes the developement of substrate-imprinted docking, an evaluation of the method with published experimental data, the application of substrate-imprinted docking in the design of Candida antarctica lipase B variants with altered substrate specificity and the rationalizing of Candida antarctica lipase B substrate preference in regards to isosorbide, isomannid, and isoidide, the update of the Lipase Engineering Database, and the integration and classification of Candida antarctica lipase A into a new superfamily in the Lipase Engineering Database.