Caracterização genômica de bactérias multirresistentes isoladas de animais sinantrópicos

• Main Author: Pereira, Elder Sano
• Other Authors: Huenuman, Nilton Erbet Lincopan
• Format: Master Thesis
• Language: Portuguese
• Published: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP 2022
• Subjects: Filogenômica; Resistoma; Pombos; Plasmidoma; Roedores; Plasmidome; Pigeons; Phylogenomic; Resistome; Rodents; Plano; Rattus rattus
• Online Access: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-07122022-180924/; https://doi.org/10.11606/D.42.2022.tde-07122022-180924

Bactérias resistentes às cefalosporinas de espectro estendido e/ou carbapenêmicos, classificadas como patógenos prioritários pela OMS, vêm se disseminando para além dos ambientes hospitalares, chegando a colonizar animais sinantrópicos como pombos (Columba livia) e roedores (Rattus rattus, Rattus norvegicus e Mus musculus), com potencial para integrar sistemas de sentinelas para o biomonitoramento de ambientes antropogenicamente impactados. No presente estudo foi investigada a ocorrência de bactérias Gram-negativas resistentes a antibióticos de relevância clínica em animais sinantrópicos da cidade de São Paulo. Cepas multirresistentes de Escherichia coli (n = 5), Klebsiella pneumoniae (n = 1) e Leclercia adecarboxylata (n=1) foram isoladas de pombos e roedores triados em 2019. Os isolados tiveram seu genoma completo sequenciado. As análises de bioinformática predisseram a presença de genes de resistência e/ou mutações conferindo resistência a beta-lactâmicos (blaCTX-M, blaCMY, blaTEM, blaOXA, blaSHV, blaLAP), aminoglicosídeos (aac(3)-IIa, aac(6\')-Ib-cr, aac(3)-IId, aadA, aph(3&#39)-Ia, strA, strB), fluoroquinolonas (aac(6\')-Ib-cr, qnrB, qnrS, gyrA-S83I, gyrA-S83L, gyrA-D87L, gyrA-S87N, parC-S80I, parE-S458A), sulfonamidas/trimetoprim (sul1, sul2, sul3, dfrA), tetraciclinas (tetA), fenicóis (floR, cmlA) e macrolídeos (mphA, mphB). Além disso, foram identificados genes de tolerância a arsênio, cobre, mercúrio, prata, clorexidina, peróxido de hidrogênio e compostos de quaternário de amônio. As cepas de E. coli pertencem aos STs 10, 155, 224 e 457, enquanto a cepa de K. pneumoniae pertence ao clone internacional ST307. A análise filogenômica destas cepas revelou similaridades com cepas de origem humana, confirmando o sucesso da expansão de clones internacionais de alto risco além do ambiente hospitalar, denotando um problema de Saúde Única, cuja dimensão deveria ser monitorada em um plano nacional de vigilância epidemiológica, ao passo que o potencial risco de transmissão zoonótica/zooantroponótica demanda ...