Estimation du nombre de reproducteurs efficaces : un nouvel indicateur de l’état des populations

• Main Author: Lepais, Olivier
• Other Authors: Ecologie Comportementale et Biologie des Populations de Poissons (ECOBIOP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA), AFB-INRA 2016-2018, Inconnu, Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine
• Format: Report
• Language: French
• Published: HAL CCSD 2017
• Subjects: [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology; Salmo salar
• Online Access: https://hal.science/hal-02187476; https://hal.science/hal-02187476/document; https://hal.science/hal-02187476/file/Rapport%20final.pdf

Cette étude évalue si le nombre de reproducteurs efficaces (Nb) peut être estimé en utilisant un protocole peu couteux et rapide basé sur la reconstruction génétique des fratries au sein d’un échantillon unique de juvéniles de l’année dans un contexte de suivi des populations de saumon Atlantique (Salmo salar). La population de saumon de la Nivelle a été utilisée pour valider la méthode, étudier les possibles effets de divers facteurs liés à l’échantillonnage (par des méthodes de sous-échantillonnage et de simulations), et enfin émettre des recommandations précises. Ces recommandations ont été ensuite appliquées à une population de plus grande taille (le Scorff) avec succès permettant de généraliser l’utilité de la méthode dans le cas de grandes populations. Des données disponibles sur La Roche, un affluent de l’Oir, ont permis d’illustrer les limites de l’estimation de Nb dans le cas d’une population ouverte. Dans ce cas, un grand nombre de juvéniles doivent être échantillonnés pour obtenir une estimation fiable, et l’interprétation de l’estimateur est rendue difficile par les facteurs confondants liés aux mouvements des reproducteurs et des juvéniles entre la zone étudiée et l’ensemble du système. Enfin, Nb a été estimé au cours de 10 saisons de reproductions consécutives sur la Nivelle afin d’illustrer les informations fournies par ce paramètre, seul ou en complément d’autres paramètres démographiques disponibles sur cette population. Nb estimé à l’automne était faible et variable au cours des années, allant de 23 (intervalle de confiance à 95% : 14-41) à 75 (53-101) reproducteurs efficaces. Il ne montrait aucune corrélation avec le nombre d’adultes anadromes estimé, mais était faiblement corrélé positivement avec le nombre de juvéniles de l’année estimé à l’automne. Les facteurs environnementaux tels que la disponibilité et la qualité des zones de frayères et des habitats pour le développement des juvéniles semble prédominer sur les facteurs démographiques (nombre d’adultes anadromes) dans l’évolution de la ...