Ricostruzione integrata e annotazione del trascrittoma di tre specie di krill: nuove informazioni sul loro ciclo vitale e la loro capacità di adattamento all'ambiente

• Main Author: URSO, ILENIA
• Other Authors: Urso, Ilenia, ROMUALDI, CHIARA
• Format: Doctoral or Postdoctoral Thesis
• Language: English
• Published: Università degli studi di Padova 2022
• Subjects: Settore BIO/18 - Genetica; antartic*; Euphausia superba; Meganyctiphanes norvegica; Thysanoessa inermis
• Online Access: http://hdl.handle.net/11577/3448900

Euphausia superba, Meganyctiphanes norvegica e Thysanoessa inermis sono tre specie di krill. La prima è una specie tipica della regiona antartica, mentre le altre due specie sono comunemente diffuse nel Nord Atlantico. Nei loro rispettivi ambienti queste specie rivestono ruoli cruciali all'interno della catena trofica e sono particolarmente abbondanti in termini di biomassa. Il loro ruolo ecologicamente fondamentale richiede una conoscenza approfondita del loro ciclo di vita, delle strategie di adattamento e delle risposte ai cambiamenti ambientali. Lo scopo di questa tesi è ricostruire "de novo" e annotare il trascrittoma di queste specie, per esplorare i loro livelli di espressione genica attraverso diversi stadi di sviluppo e le loro risposte a diverse condizioni ambientali, consentendo uno studio comparativo e fisiologico tra le specie. A tale scopo, gli step fondamentali possono essere riassunti come di seguito: i) un'indagine preliminare incentrata sull'efficienza e sulla qualità delle strategie già esistenti per l'assemblaggio de novo del trascrittoma di organismi non modello; ii) una seconda parte consistente nell'identificazione e applicazione della migliore strategia di assemblaggio del trascrittoma; iii) una fase finale durante la quale ho analizzato tutti i risultati, usando queste informazioni per effettuare un primo confronto tra le specie oggetto di studio. L'analisi della qualità dei trascrittomi ricostruiti ha dimostrato l'affidabilità e il successo della strategia applicata. Inoltre, la disponibilità di queste nuove risorse ha suggerito la possibilità di effettuare un'indagine dettagliata sui modelli di espressione differenziale, che ha evidenziato la presenza di geni già descritti in letteratura insieme a nuovi geni probabilmente coinvolti in fasi cruciali del ciclo di vita della specie. Il confronto tra i risultati di espressione differenziale tra le diverse specie di krill ha evidenziato la presenza di geni coinvolti nelle stesse funzioni e processi che sembrano essere ...