Mitogenomica comparativa ed evoluzionistica di molluschi bivalvi della famiglia Ostreidae (Mollusca, Bivalvia) con particolare riferimento al genere Magallana

• Main Author: CORRAIN, DANIELE
• Other Authors: NEGRISOLO, ENRICO MASSIMILIANO, BARGELLONI, LUCA
• Language: unknown
• Published: 2023
• Subjects: Magallana; Bioinformatica; Ostreidae; Hanno; Crassostrea gigas
• Online Access: https://hdl.handle.net/20.500.12608/51943

reserved Magallana gigas (Thunberg, 1793), in passato nota come Crassostrea gigas, è un mollusco bivalve di grande interesse alimentare ed economico. Questa specie ha raggiunto una diffusione globale e presenta una grande variabilità morfologica intraspecifica della conchiglia, caratteristica questa condivisa con le altre specie della famiglia Ostreidae. In questa tesi sono presentate varie analisi del genoma mitocondriale di questa specie e di altre della famiglia Ostreidae. Una prima analisi è stata volta a verificare se lo studio degli aplotipi del gene barcode cox1 permettesse di inferire l’origine geografica dei diversi esemplari di Magallana gigas. A tale scopo, sono stati costruiti diversi network di aplotipi, che hanno dato il medesimo risultato, ossia l’assenza di un chiaro segnale filogeografico. Esiste un aplotipo principale, condiviso da esemplari di varie parti del mondo, e numerosi altri aplotipi che differiscono da questo per qualche nucleotide al massimo. Sono state poi effettuate analisi comparative sulla variabilità strutturale del genoma mitocondriale di Magallana gigas. Tutti i genomi disponibili in GenBank di Ostreidae, insieme ad 8 nuovi genomi di M. gigas, ottenuti da esemplari della laguna di Venezia, sono stati riannotati/annotati in modo da ottenere un data set omogeneo nella sua annotazione. Per tali genomi sono stati studiati inizialmente la composizione in basi ed il codon usage dei geni codificanti per proteine. Il mitogenoma di Magallana gigas presenta una moderata asimmetria composizionale, che determina un uso preferenziale di alcuni codoni. Sono stati poi prodotti alberi filogenetici, basati su allineamenti multigenici (DNA e amminoacidi), per comprendere le relazioni evolutive tra Magallana gigas e altre specie della famiglia Ostreidae. Infine è stata studiata la variabilità del gene order negli Ostreidae, e l’evoluzione del gene order all’interno del genere Magallana.