Undersøkelse av mulige biotiske årsaker til forsinket spiring i potet gjennom DNA-metastrekkoding og morfologisk nematodeanalyse : en casestudie

• Main Author: Løwø, Sunniva
• Other Authors: Brurberg, May Bente, Rossmann, Simeon, Tangvik, Marte, Haukeland, Solveig
• Format: Master Thesis
• Language: Norwegian Bokmål
• Published: Norwegian University of Life Sciences, Ås 2022
• Subjects: Overgangen; Åkeren; Nordland
• Online Access: https://hdl.handle.net/11250/3029480

Forsinket spiring hos potetplanter, og redusert avling og kvalitet ble observert på betydelige arealer i flere potetåkere på Engeløya i Nordland i 2018 og 2019. Ingen åpenbar årsak ble funnet. Det ble tatt jordprøver i områdene med normal og forsinket vekst, og i overgangen mellom disse i tre åkere i 2020 og 2021. DNA-metastrekkoding ble gjennomført for å kartlegge bakterier, sopp, oomyceter og nematoder. Jordprøvene ble også analysert for planteparasittære nematoder, inkludert cyster, for å sammenligne DNA-metastrekkoding med tradisjonelle metoder. Videre ble nematoder ekstrahert fra potetknoller med symptomer på Streptomyces spp. (flatskurv), da man har sett at Pratylenchus spp. kan gi lignende symptomer på knollene. Nematodene ble ekstrahert og identifisert morfologisk. Den vanligste planteparasittære nematoden i jordprøvene var rotsårnematoden Pratylenchus crenatus. Amplikonsvekvensvarianter (ASVer) karakterisert som Pratylenchus spp. var også mest abundant blant planteparasittære nematoder i metastrekkodeanalysen. Det ble ikke funnet Pratylenchus spp. i potetprøver med flatskurvsymptomer. ASVer tilordnet Paratrichodorus spp. ble observert oftere i områder med forsinket vekst enn i områder med god vekst, men denne slekta ble ikke funnet i nematodeekstraksjonen. Potetcystenematoder (Globodera rostochiensis og G. pallida), som er nematodekandidater ved dårlig vekst, ble ikke funnet. I en av åkrene ble det funnet Rhizoctonia spp. i områder med forsinket vekst. Rhizoctonia spp. kan inngå i sykdomskomplekser med frittlevende nematoder. I denne åkeren ble det også funnet P. crenatus, men antallet nematoder, som varierte fra 87-116 individer per 250 mL jord, er trolig under skadeterskel for denne arten. Oomyceten Globisporangium irregulare var vanligere i områder med forsinket vekst enn i områder med god vekst på alle åkrene. G. irregulare har et bredt vertsspekter og kan gi dårlig spiring i en rekke vertsplanter, men den er ikke kjent for å gjøre skade i potet. ASVer tilordnet Aphanomyces spp. var vanlig på alle ...