Mapping of sex-determining candidate genes in Atlantic salmon (Salmo Salar)
Salmo salar (atlantisk laks) er en viktig økonomisk art og er også av interesse innen forskning på grunn av at den er tetraploid. Kromosom 2 og 3 er bevist å være de kjønns-bestemmende kromosomene I atlantisk laks. Målet med denne oppgaven var å kartlegge gener assossoiert med kjønns-bestemmelse til...
Main Author: | |
---|---|
Format: | Master Thesis |
Language: | English |
Published: |
2011
|
Subjects: | |
Online Access: | http://hdl.handle.net/11250/186004 |
id |
ftunivmob:oai:nmbu.brage.unit.no:11250/186004 |
---|---|
record_format |
openpolar |
spelling |
ftunivmob:oai:nmbu.brage.unit.no:11250/186004 2023-05-15T15:31:33+02:00 Mapping of sex-determining candidate genes in Atlantic salmon (Salmo Salar) Karlegging av kjønnsbestemmende kandidatgener i Atlantisk laks (Salmo salar) Mühlbradt, Anders 2011-11-14 application/pdf http://hdl.handle.net/11250/186004 eng eng http://hdl.handle.net/11250/186004 73 Atlantic salmon Salmo salar chromosome mapping VDP::Technology: 500::Biotechnology: 590 VDP::Agriculture and fishery disciplines: 900::Fisheries science: 920::Aquaculture: 922 Master thesis 2011 ftunivmob 2021-09-23T20:15:18Z Salmo salar (atlantisk laks) er en viktig økonomisk art og er også av interesse innen forskning på grunn av at den er tetraploid. Kromosom 2 og 3 er bevist å være de kjønns-bestemmende kromosomene I atlantisk laks. Målet med denne oppgaven var å kartlegge gener assossoiert med kjønns-bestemmelse til disse kromosomene. Totalt 65 kandidatgener ble samlet fra artikler som omhandler kjønns-bestemmelse og søkt opp mot Salmon UniGene Build database og Salmon Arachne 1.96x assembliet ved hjelp av BLAST. En SNP deteksjon ble utført, fulgt opp av en genotyping av SNPene. 29 av genene ble kartlagt enten ved hjelp av two-point linkage kartlegging eller ved kartlegging gjort med hjelp av BLAST mot Salmon Celerea 3.1x assembliet som inneholder scaffold med markører som genene blir kartlagt til. Av disse genene, ble AM-DSX og RBP1 kartlagt til kromosom 3, mens BRD3 ble kartlagt til kromosom 2. FOXL2-genet ble kartlagt til kromosom 14, som er en paralog til kromosom 3. Disse fire genene kan bli sett på som faktorer involvert i kjønns-bestemmelse i atlantisk laks basert på deres funksjon og plassering, mens resten av genene kartlagt i denne oppgaven kan bli avskrevet som gener involvert i kjønnsbestemmelse i atlantisk laks. Master Thesis Atlantic salmon Salmo salar Open archive Norwegian University of Life Sciences: Brage NMBU |
institution |
Open Polar |
collection |
Open archive Norwegian University of Life Sciences: Brage NMBU |
op_collection_id |
ftunivmob |
language |
English |
topic |
Atlantic salmon Salmo salar chromosome mapping VDP::Technology: 500::Biotechnology: 590 VDP::Agriculture and fishery disciplines: 900::Fisheries science: 920::Aquaculture: 922 |
spellingShingle |
Atlantic salmon Salmo salar chromosome mapping VDP::Technology: 500::Biotechnology: 590 VDP::Agriculture and fishery disciplines: 900::Fisheries science: 920::Aquaculture: 922 Mühlbradt, Anders Mapping of sex-determining candidate genes in Atlantic salmon (Salmo Salar) |
topic_facet |
Atlantic salmon Salmo salar chromosome mapping VDP::Technology: 500::Biotechnology: 590 VDP::Agriculture and fishery disciplines: 900::Fisheries science: 920::Aquaculture: 922 |
description |
Salmo salar (atlantisk laks) er en viktig økonomisk art og er også av interesse innen forskning på grunn av at den er tetraploid. Kromosom 2 og 3 er bevist å være de kjønns-bestemmende kromosomene I atlantisk laks. Målet med denne oppgaven var å kartlegge gener assossoiert med kjønns-bestemmelse til disse kromosomene. Totalt 65 kandidatgener ble samlet fra artikler som omhandler kjønns-bestemmelse og søkt opp mot Salmon UniGene Build database og Salmon Arachne 1.96x assembliet ved hjelp av BLAST. En SNP deteksjon ble utført, fulgt opp av en genotyping av SNPene. 29 av genene ble kartlagt enten ved hjelp av two-point linkage kartlegging eller ved kartlegging gjort med hjelp av BLAST mot Salmon Celerea 3.1x assembliet som inneholder scaffold med markører som genene blir kartlagt til. Av disse genene, ble AM-DSX og RBP1 kartlagt til kromosom 3, mens BRD3 ble kartlagt til kromosom 2. FOXL2-genet ble kartlagt til kromosom 14, som er en paralog til kromosom 3. Disse fire genene kan bli sett på som faktorer involvert i kjønns-bestemmelse i atlantisk laks basert på deres funksjon og plassering, mens resten av genene kartlagt i denne oppgaven kan bli avskrevet som gener involvert i kjønnsbestemmelse i atlantisk laks. |
format |
Master Thesis |
author |
Mühlbradt, Anders |
author_facet |
Mühlbradt, Anders |
author_sort |
Mühlbradt, Anders |
title |
Mapping of sex-determining candidate genes in Atlantic salmon (Salmo Salar) |
title_short |
Mapping of sex-determining candidate genes in Atlantic salmon (Salmo Salar) |
title_full |
Mapping of sex-determining candidate genes in Atlantic salmon (Salmo Salar) |
title_fullStr |
Mapping of sex-determining candidate genes in Atlantic salmon (Salmo Salar) |
title_full_unstemmed |
Mapping of sex-determining candidate genes in Atlantic salmon (Salmo Salar) |
title_sort |
mapping of sex-determining candidate genes in atlantic salmon (salmo salar) |
publishDate |
2011 |
url |
http://hdl.handle.net/11250/186004 |
genre |
Atlantic salmon Salmo salar |
genre_facet |
Atlantic salmon Salmo salar |
op_source |
73 |
op_relation |
http://hdl.handle.net/11250/186004 |
_version_ |
1766362075541536768 |