Estrategia para identificar organismos y su abundancia a partir de datos metagenómicos derivados de mezclas de alimentos para peces
"Este proyecto plantea una estrategi para la evaluación y optimización de métodos computacionales para identificar la fuente de origen genética y su abundancia en datos metagenómicos de mezclas de alimentos para peces, utilizando datos de secuenciación previamente generados por el Instituto de...
Main Author: | |
---|---|
Other Authors: | , |
Format: | Master Thesis |
Language: | Spanish |
Published: |
Uniandes
2019
|
Subjects: | |
Online Access: | http://hdl.handle.net/1992/43781 |
id |
ftunivlosandes:oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/43781 |
---|---|
record_format |
openpolar |
spelling |
ftunivlosandes:oai:repositorio.uniandes.edu.co:1992/43781 2023-11-12T04:14:45+01:00 Estrategia para identificar organismos y su abundancia a partir de datos metagenómicos derivados de mezclas de alimentos para peces Moreno Ibarguen, Carlos Reyes Muñoz, Alejandro Duitama Castellanos, Jorge Alexander 2019 18 hojas application/pdf http://hdl.handle.net/1992/43781 spa spa Uniandes Maestría en Biología Computacional Facultad de Ciencias Departamento de Biología http://hdl.handle.net/1992/43781 u830977.pdf instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores. http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ info:eu-repo/semantics/openAccess http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca Metagenómica - Investigaciones - Modelos matemáticos Peces - Alimentos - Investigaciones Optimización matemática - Investigaciones Bioinformática - Investigaciones Biología Trabajo de grado - Maestría info:eu-repo/semantics/masterThesis info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc http://purl.org/coar/version/c_ab4af688f83e57aa Text http://purl.org/redcol/resource_type/TM 2019 ftunivlosandes 2023-10-28T16:59:45Z "Este proyecto plantea una estrategi para la evaluación y optimización de métodos computacionales para identificar la fuente de origen genética y su abundancia en datos metagenómicos de mezclas de alimentos para peces, utilizando datos de secuenciación previamente generados por el Instituto de investigación marina IMR de Noruega, basados en una librería de genes nucleares, conformados por cinco grupos de muestras (tres controles y datos experimentales). Para cada una de las especies de interés: Cod (Gadus morhua), Haddock (Melanogrammus aeglefinus), Pike (Esox lucius), Platy (Xiphophorus maculatus), Atlantic Salmón (Salmo salar), y Tilapia (Oreochromis niloticus) se descargó su respectivo genoma de referencia del repositorio público online de NCBI. Se realizaron análisis de calidad, corrección de adaptadores, luego se generaron simulaciones de lecturas (reads) a partir de los mismos genomas de referencia, con el objeto de optimizar los genomas de referencia para que fueran lo más precisos posibles en la identificación en cada una de sus respectivas especies." -- Tomado del Formato de Documento de Grado. "This project proposes a strategy for the evaluation and optimization of computational methods to identify the source of genetic origin and its abundance in metagenomic data of fish food mixtures, using sequence data previously generated by the Norwegian IMR Marine Research Institute, in a library of nuclear genes, consisting of five groups of samples (three controls and experimental data). For each of the species of interest: Cod (Gadus morhua), Haddock (Melanogrammus aeglefinus), Lucio (Esox lucius), Platy (Xiphophorus maculatus), Atlantic Salmon (Salmo salar), and Tilapia (Oreochromis niloticus) respective reference genome of the NCBI online public repository. Quality analysis, correction of adapters was performed, then simulations of readings (readings) were generated from the same reference genomes, to update the reference genomes so that they have as precise as possible in the identification in each one ... Master Thesis Atlantic salmon Gadus morhua Salmo salar Repositorio institucional Séneca Noruega ENVELOPE(-12.333,-12.333,-71.333,-71.333) Referencia |
institution |
Open Polar |
collection |
Repositorio institucional Séneca |
op_collection_id |
ftunivlosandes |
language |
Spanish |
topic |
Metagenómica - Investigaciones - Modelos matemáticos Peces - Alimentos - Investigaciones Optimización matemática - Investigaciones Bioinformática - Investigaciones Biología |
spellingShingle |
Metagenómica - Investigaciones - Modelos matemáticos Peces - Alimentos - Investigaciones Optimización matemática - Investigaciones Bioinformática - Investigaciones Biología Moreno Ibarguen, Carlos Estrategia para identificar organismos y su abundancia a partir de datos metagenómicos derivados de mezclas de alimentos para peces |
topic_facet |
Metagenómica - Investigaciones - Modelos matemáticos Peces - Alimentos - Investigaciones Optimización matemática - Investigaciones Bioinformática - Investigaciones Biología |
description |
"Este proyecto plantea una estrategi para la evaluación y optimización de métodos computacionales para identificar la fuente de origen genética y su abundancia en datos metagenómicos de mezclas de alimentos para peces, utilizando datos de secuenciación previamente generados por el Instituto de investigación marina IMR de Noruega, basados en una librería de genes nucleares, conformados por cinco grupos de muestras (tres controles y datos experimentales). Para cada una de las especies de interés: Cod (Gadus morhua), Haddock (Melanogrammus aeglefinus), Pike (Esox lucius), Platy (Xiphophorus maculatus), Atlantic Salmón (Salmo salar), y Tilapia (Oreochromis niloticus) se descargó su respectivo genoma de referencia del repositorio público online de NCBI. Se realizaron análisis de calidad, corrección de adaptadores, luego se generaron simulaciones de lecturas (reads) a partir de los mismos genomas de referencia, con el objeto de optimizar los genomas de referencia para que fueran lo más precisos posibles en la identificación en cada una de sus respectivas especies." -- Tomado del Formato de Documento de Grado. "This project proposes a strategy for the evaluation and optimization of computational methods to identify the source of genetic origin and its abundance in metagenomic data of fish food mixtures, using sequence data previously generated by the Norwegian IMR Marine Research Institute, in a library of nuclear genes, consisting of five groups of samples (three controls and experimental data). For each of the species of interest: Cod (Gadus morhua), Haddock (Melanogrammus aeglefinus), Lucio (Esox lucius), Platy (Xiphophorus maculatus), Atlantic Salmon (Salmo salar), and Tilapia (Oreochromis niloticus) respective reference genome of the NCBI online public repository. Quality analysis, correction of adapters was performed, then simulations of readings (readings) were generated from the same reference genomes, to update the reference genomes so that they have as precise as possible in the identification in each one ... |
author2 |
Reyes Muñoz, Alejandro Duitama Castellanos, Jorge Alexander |
format |
Master Thesis |
author |
Moreno Ibarguen, Carlos |
author_facet |
Moreno Ibarguen, Carlos |
author_sort |
Moreno Ibarguen, Carlos |
title |
Estrategia para identificar organismos y su abundancia a partir de datos metagenómicos derivados de mezclas de alimentos para peces |
title_short |
Estrategia para identificar organismos y su abundancia a partir de datos metagenómicos derivados de mezclas de alimentos para peces |
title_full |
Estrategia para identificar organismos y su abundancia a partir de datos metagenómicos derivados de mezclas de alimentos para peces |
title_fullStr |
Estrategia para identificar organismos y su abundancia a partir de datos metagenómicos derivados de mezclas de alimentos para peces |
title_full_unstemmed |
Estrategia para identificar organismos y su abundancia a partir de datos metagenómicos derivados de mezclas de alimentos para peces |
title_sort |
estrategia para identificar organismos y su abundancia a partir de datos metagenómicos derivados de mezclas de alimentos para peces |
publisher |
Uniandes |
publishDate |
2019 |
url |
http://hdl.handle.net/1992/43781 |
long_lat |
ENVELOPE(-12.333,-12.333,-71.333,-71.333) |
geographic |
Noruega Referencia |
geographic_facet |
Noruega Referencia |
genre |
Atlantic salmon Gadus morhua Salmo salar |
genre_facet |
Atlantic salmon Gadus morhua Salmo salar |
op_source |
instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca |
op_relation |
http://hdl.handle.net/1992/43781 u830977.pdf instname:Universidad de los Andes reponame:Repositorio Institucional Séneca repourl:https://repositorio.uniandes.edu.co/ |
op_rights |
Al consultar y hacer uso de este recurso, está aceptando las condiciones de uso establecidas por los autores. http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ info:eu-repo/semantics/openAccess http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
_version_ |
1782332310742368256 |