Identification de peptides antibactériens issus de co-produits de crabe des neiges (Chionoecetes opilio) par une stratégie de peptidomique et de génomique

• Main Author: El Menif, Emna
• Other Authors: Labrie, Steve, Beaulieu, Lucie
• Format: Doctoral or Postdoctoral Thesis
• Language: French
• Published: 2020
• Subjects: Antibiotiques peptidiques; Crabe des neiges; Chionoecetes opilio
• Online Access: https://hdl.handle.net/20.500.11794/67440

Les coproduits de crabe des neiges (Chionoecetes opilio) riches en chitine sont majoritairement utilisés dans le compost. Toutefois, ils sont aussi riches en biomolécules actives tels les peptides antibactériens notamment générés par une hydrolyse enzymatique. Cependant, l’origine et la localisation de ces peptides dans les coproduits de C. opilio n’ont pas encore été élucidées. Diverses matrices composant les coproduits de C. opilio ont été isolées puis hydrolysées avec le mélange d’enzymes commerciales Protamex®. Chaque hydrolysat des différentes matrices a été fractionné en utilisant une colonne de chromatographie d’interactions hydrophobes de type Sep-pack C18 et l’activité antibactérienne a été vérifiée contre trois souches bactériennes indicatrices : Escherichia coli ATCC 25922, Listeria innocua HPB13 et Vibrio parahemolyticus ATCC 17802. Une activité antibactérienne contre Listeria innocua HPB13 a été décelée dans un extrait peptidique provenant de l’hépatopancréas. L’analyse en chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS) a permis d’identifier quatre peptides ayant des homologies supérieures à 80% avec des peptides antibactériens connus. Parmi ces peptides (Odorranain-C7, YFGAP : Yellowfin tuna GAPDH-related antimicrobial peptide, crustine, peptide antibactérien prédit), la crustine est le seul peptide provenant des crustacés retrouvé majoritairement dans l’hémolymphe, mais n’a jamais été identifié chez C. opilio. L’extraction protéique de l’hémolymphe de C. opilio, suivie par une purification en chromatographie liquide des protéines à basses pressions (FPLC) et une migration protéique par électrophorèse sur gel de polyacrylamide en conditions dénaturantes (SDS-PAGE), a permis de visualiser des bandes de protéines correspondant à la taille moyenne de la crustine. L’analyse en spectrométrie de masse d’ionisation par électronébulisation (ESI-MS/MS) a permis d’identifier un peptide ayant une homologie avec la crustine qui était supérieure à 80 %. Ces analyses ont été ...