Gene expression patterns of six6 in a developmental time series of Atlantic salmon alevin and fry

• Main Author: Liukkonen, Titta
• Other Authors: Helsingin yliopisto, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta, University of Helsinki, Faculty of Biological and Environmental Sciences, Helsingfors universitet, Bio- och miljövetenskapliga fakulteten
• Format: Master Thesis
• Language: English
• Published: Helsingin yliopisto 2024
• Subjects: Atlantic salmon; sea-age at maturity; six6; 3’ RNA sequencing; Biologian aineenopettaja; Subject teacher in Biology; Ämneslärare i biologi; Genetiikan ja molekulaaristen biotieteiden maisteriohjelma; Master's Programme in Genetics and Molecular Biosciences; Magisterprogrammet i genetik och molekylära biovetenskaper; Salmo salar
• Online Access: http://hdl.handle.net/10138/577764

Lohilla (Salmo salar) on monivaiheinen elinkierto, johon kuuluu nuoruusvaihe makeassa vedessä, vaellus merelle ja lopulta paluu sukukypsänä jokeen kutemaan. Merellä vietetty aika vaihtelee eri lohiyksilöiden välillä ja siten myös sukukypsyysikä, joka on tärkeä elinkierto-ominaisuus. Siihen vaikuttavat sekä ympäristö että geneettiset tekijät. Lohen sukukypsyysiän vaihtelu on yhdistetty SNP:hen, joka sijaitsee six6-geenin intronissa kromosomissa 9 (six6a). Geeni on konservoitunut selkärankaisten silmänkehityksessä, ja sillä on nisäkkäillä tärkeä rooli sukukypsyyden saavuttamisessa. Kolmevuotiailla lohilla six6a:n on todettu ekspressoituvan silmissä, aivoissa, kiduksissa ja kiveksissä. Lisäksi in situ -hybridisaatio on osoittanut, että six6a ekspressoituu alkioilla useissa elinjärjestelmissä, esimerkiksi silmien ja aivojen kehittyvillä alueilla. Sen ekspressoitumista on tähän mennessä tutkittu kuitenkin vain kokonaisilla yksilöillä. Tämän pro gradu -työn tarkoitus on tutkia six6a:n ja sen paralogin, six6b:n, ekspressoitumista eri kehityksellisissä vaiheissa (1-9 kuukautta kuoriutumisen jälkeen) neljässä eri kudoksessa ja yhdessä kehon osassa (aivot, silmät, kidukset, hypotalamus ja pää). Paralogien ekspressoitumista ei ole ennen tätä työtä tutkittu erillisissä kudoksissa yllä mainituissa kehityksellisissä vaiheissa. Tämän kehityksellisen aikasarjan avulla voidaan tunnistaa niitä kudoksia ja kehitysvaiheita, jotka ovat mahdollisesti olennaisia six6a:n ja lohen sukukypsyysiän vaihtelun välisen yhteyden tutkimiselle jatkossa. 3’ RNA-sekvensoinnilla havaittiin, että molemmat paralogit ekspressoituvat eniten silmissä ja hypotalamuksessa. Six6b ekspressoituu enemmän kuin six6a. Molempien paralogien ekspressoituminen kiduksissa oli hyvin vähäistä tai olematonta. Pään ja aivojen näytteissä havaittu matala ekspressiotaso saattaa viitata päässä silmien ja aivoissa hypotalamuksen korkeaan ekspressiotasoon. Tutkimuksen tulosten perusteella hypotalamus ja silmät ovatkin tärkeitä kudoksia tulevaisuuden geneettisille ...