Effective population size and its temporal changes in the Teno River Atlantic salmon (Salmo salar) stock

• Main Author: Partanen, Reeta-Maria
• Other Authors: Helsingin yliopisto, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta, University of Helsinki, Faculty of Biological and Environmental Sciences, Faculty of Biological and Environmental Sciences, Helsingfors universitet, Bio- och miljövetenskapliga fakulteten, Bio- och miljövetenskapliga fakulteten
• Format: Master Thesis
• Language: English
• Published: Helsingin yliopisto 2020
• Subjects: effective population size; Salmo salar; Atlantic salmon; Teno; linkage disequilibrium; perinnöllisyystiede; Genetics; genetik; Norway; Northern Norway
• Online Access: http://hdl.handle.net/10138/322551

Pohjois-Norjassa ja Pohjois-Suomessa sijaitsevassa Tenojoessa lisääntyy luonnollisesti Atlantin lohikanta. Tenojoen lohella on voimakas populaatiorakenne, jossa on tunnistettu 28 alapopulaatiota. Alapopulaatioiden tehollisten populaatiokokojen arvioiminen on tärkeää populaatioiden suojelussa. Tehollinen populaatiokoko kertoo populaation geneettisestä vaihtelusta ja se on yksi suojelugenetiikan tärkeimmistä käsitteistä. Tässä tutkimuksessa arvioitiin 28 alapopulaation tehollinen populaatiokoko nykyisessä ja menneissä sukupolvissa SNP-aineistosta, joka koostui yhteensä 1137 yksilön tiedoista. Arviointi tapahtui kytkentäepätasapainoon perustuvalla menetelmällä. Lisäksi tutkittiin erilaisten oletusten vaikutusta tuloksiin. Alapopulaatioiden nykyiset arvioidut teholliset populaatiokoot olivat yleisesti pieniä ja vaihtelivat yhdeksän ja 272 yksilön välillä. Vain neljässä populaatiossa nykyinen tehollinen populaatiokoko oli suurempi kuin 50 yksilöä. Tehollinen populaatiokoko oli laskenut selvästi kaukaisimmista sukupolvista kaikissa populaatioissa. Tuloksiin vaikutti se, käytettiinkö arvioinnissa fyysistä vai kytkentäkarttaa ja oliko kytkentäkartta naaraan, koiraan vai keskimääräinen. Myös erilaisten otoskoon korjausmenetelmien käyttäminen vaikutti tuloksiin. Tehollinen populaatiokoko arvioitiin lisäksi temporaalisella menetelmällä kolmessa populaatiossa. Tämän menetelmän tulokset erosivat kytkentäepätasapainoon perustuvan menetelmän tuloksista. Tämän tutkimuksen tulokset viittaavat siihen, että Tenojoen lohipopulaatiot ovat taantuneet viime 150 sukupolven aikana ja ovat vaarassa menettää geneettistä vaihtelua pienestä tehollisesta populaatiokoosta johtuen. Tämä tulisi ottaa huomioon niiden suojelun suunnittelussa. There is a naturally reproducing Atlantic salmon population in the River Teno in northern Norway and Finland. The Teno population has a strong population structure and up to 28 subpopulations have been recognized. Estimation of effective population size is important in conservation of the subpopulations. ...