Varreduras genômicas para a detecção de variantes genéticas associadas à reprodução de cães

• Main Author: Torrecilha, Rafaela Beatriz Pintor
• Other Authors: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
• Format: Doctoral or Postdoctoral Thesis
• Language: Portuguese
• Published: Universidade Estadual Paulista (Unesp) 2018
• Subjects: Polimorfismo de sítio único (SNP); Haplótipo; Variante funcional; Reprodução; Canis lupus familiaris; Single nucleotides variants (SNV); Reproduction; Functional variant; Alta; Canis lupus
• Online Access: http://hdl.handle.net/11449/166393

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) 2017/08373-1 Pós-graduação em Medicina Veterinária - FCAV Variante funcional (functional variant - FV) é um polimorfismo da sequência de DNA que possui efeitos sobre a função ou mesmo sobre o nível de expressão de um ou mais genes. Por apresentarem alta probabilidade de interferência em fenótipos celulares, teciduais ou mesmo sistêmicos, as FVs são alvos frequentes de pressão de seleção negativa ou positiva em uma população. Algumas FVs podem, inclusive, causar perda parcial ou total da função gênica, caso no qual estas recebem a denominação de loss-of-function variant (LoFV). Os cães domésticos (Canis lupus familiaris) possuem baixa variabilidade genética decorrente da intensa seleção artificial feita pelo homem para fenótipos extremos de características morfológicas e comportamentais. Os altos níveis de endogamia nas populações caninas favorecem a intensificação da ação da deriva genética e, por consequência, o aumento da prevalência de FVs e LoFVs que seriam mantidas em baixa frequência se estas populações apresentassem maior variabilidade genética. Assim, o cão doméstico é um modelo valioso para estudos de processos fisiológicos e de doenças genéticas humanas. O recente surgimento de ferramentas para análise genômica têm auxiliado na identificação de FVs e LoFVs de interesse zootécnico e biomédico em cães. Estas variantes podem ser mapeadas através de duas estratégias distintas, porém complementares, de varredura genômica. A primeira, denominada de estudo de associação genômica ampla (Genome-Wide Association Study - GWAS), consiste no teste de associações entre genótipos e fenótipos. A segunda consiste na busca por combinações alélicas, chamadas de haplótipos, que ocorram em alta frequência, porém que apresentem deficiência de homozigose. No presente trabalho, utilizamos ambas as estratégias no mapeamento de FVs e LoFVs de alto impacto funcional associadas à reprodução de cães. No primeiro estudo, um GWAS para tamanho de ninhada foi ...