Implementation of genomic selection on production and quality traits and linkage disequilibrium in Crassostrea gigas

• Published in: Proceedings of 12th World Congress on Genetics Applied to Livestock Production (WCGALP)
• Main Authors: Jourdan, Antoine, Boudry, Pierre, Enez, Florian, Haffray, Pierrick, Chenier, F, Vetois, E, Allal, François, Le Roy, Pascale, Phocas, Florence, Bugeon, Jérôme, Dégremont, Lionel, Morvezen, Romain
• Other Authors: Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français (SYSAAF), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), NAISSAIN, SATMAR, MARine Biodiversity Exploitation and Conservation - Station Ifremer Palavas (UMR MARBEC PALAVAS), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation - MARBEC (UMR MARBEC ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage Rennes (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons = Fish Physiology and Genomics Institute (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), R.F. Veerkamp, Y. de Haas
• Format: Conference Object
• Language: English
• Published: HAL CCSD 2022
• Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]; Crassostrea gigas
• Online Access: https://hal.inrae.fr/hal-04013016; https://hal.inrae.fr/hal-04013016/document; https://hal.inrae.fr/hal-04013016/file/2022-Jourdan-WCALP_978-90-8686-940-4_567.pdf; https://doi.org/10.3920/978-90-8686-940-4_567

International audience The recent progress and cost reduction of genotyping technologies allows for the implementation of genomic selection (GS) on more and more cultivated species. In this study, we explore the genomic determinism of commercial traits and test the effectiveness and the possible cost reduction of GS in breeding programs of the cupped oyster Crassostrea gigas. Two populations of more than 1000 individuals have been phenotyped and genotyped for 40,000 SNP (Guitierez et al., 2017). Heritability was estimated to be moderate for commercial traits of interest (between 0.19 and 0.34). The accuracy of the genomic prediction models outperformed the classical selection on pedigree by 22 to 55%. A limited linkage disequilibrium (LD) level (less than 0.1) was observed. These results suggest that the use of GS in oyster breeding can improve the selection of breeding candidates to enhance commercial traits but need a specific account and exploration of the very low LD.