Miljø-DNA påvisning av Pasteurella atlantica gv. salmonicida - Holmeset, Matilde Grytten (The University of Bergen, 2023)
Pasteurellose forårsaket av Pasteurella atlantica gv. salmonicida hos atlantisk laks (Salmo salar L.) har de siste årene etablert seg som en bakteriesykdom som truer fiskevelferd og bærekraftig produksjon i den norske oppdrettsnæringen. Sykdomsbilde og alvorlighetsgrad kan variere mye fra utbrudd til utbrudd. Ofte kan bakterien forårsake en kronisk infeksjon, med lav prevalens som kan være vanskelig å diagnostisere. Det mistenkes derfor at det er flere anlegg med infiserte laksepopulasjoner enn de som er bekreftet infisert. Hensikten med denne oppgaven var å undersøke om miljø-DNA-prøver samlet under termisk avlusning er egnet til påvisning av sub-klinisk infeksjon med P. atlantica gv. salmonicida hos norsk laks. Samt undersøke om bakteriens DNA i vannprøvene degraderes under lagring. Infisert fisk skiller sannsynligvis ut små mengder av bakterien til omgivelsene. På grunn av den store fortynningseffekten det er i åpent hav kan det være vanskelig å detektere bakterien i sjøvann samlet fra merd. Under termisk avlusning behandles store mengder fisk gjennom et begrenset volum med temperert vann, og eventuelle smittsomme mikroorganismer som skilles ut fra fisken vil kunne oppkonsentreres. Resultater fra dette studiet viser at P. atlantica gv. salmonicida skilles ut fra infisert laks, og oppkonsentreres i behandlingsvannet under termisk behandling. Studiet viser også at miljø-DNA-prøver samlet fra dette behandlingsvannet ser ut til å være egnet til påvisning av P. atlantica gv. salmonicida hos laksepopulasjoner med sub-klinisk og klinisk infeksjon. Bakteriens DNA ble også funnet på overflaten av gjeller og hud hos fisk i matfiskanlegg. Studien setter også spørsmålstegn rundt rengjøringen av utstyret som benyttes til avlusning. Degradering av Pasteurella-holdige miljø-DNA-prøver ble undersøkt ved ulike lagringsregimer. Resultatene viste at prøvene som oppbevares kjølig kan oppbevares i opp til syv dager frem til prosessering uten stor grad av degradering. Dersom miljø-DNA-prøvene oppbevares ved romtemperatur bør ...