A core of functional complementary bacteria infects oysters in Pacific Oyster Mortality Syndrome

• Published in: Animal Microbiome
• Main Authors: Clerissi, Camille, Luo, Xing, Lucasson, Aude, Mortaza, Shogofa, de Lorgeril, Julien, Toulza, Eve, Petton, Bruno, Escoubas, Jean-Michel, Dégremont, Lionel, Gueguen, Yannick, Destoumieux-Garzon, Delphine, Jacq, Annick, Mitta, Guillaume
• Other Authors: Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement (CRIOBE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD), Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (IHPE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecologie marine tropicale des océans Pacifique et Indien (ENTROPIE Nouvelle-Calédonie ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD Nouvelle-Calédonie )-Délégation Ifremer de Nouvelle-Calédonie, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Unité Santé, Génétique et Microbiologie des Mollusques (SGMM), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation - MARBEC (UMR MARBEC ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Ecosystèmes Insulaires Océaniens (UMR 241) (EIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de la Polynésie Française (UPF)-Institut Louis Malardé Papeete (ILM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), ANR-19-CE20-0004,DECICOMP,Déchiffrer toute la complexité du syndrome de mortalité des huîtres du Pacifique pour modéliser le risque épidémiologique.(2019), ANR-15-NEUR-0001,DeCipher,Deciphering hyperexcitable networks associated with neurodevelopmental lesions(2015)
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: English
• Published: HAL CCSD 2023
• Subjects: Metabarcoding Metatranscriptomics Pathobiota Metabolism Resource partitioning; Metabarcoding; Metatranscriptomics; Pathobiota; Metabolism; Resource partitioning; [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology; Crassostrea gigas; Pacific oyster
• Online Access: https://hal.univ-brest.fr/hal-04107637; https://hal.univ-brest.fr/hal-04107637/document; https://hal.univ-brest.fr/hal-04107637/file/102173.pdf; https://doi.org/10.1186/s42523-023-00246-8

International audience Background The Pacific oyster Crassostrea gigas is one of the main cultivated invertebrate species worldwide. Since 2008, oyster juveniles have been confronted with a lethal syndrome known as the Pacific Oyster Mortality Syndrome (POMS). POMS is a polymicrobial disease initiated by a primary infection with the herpesvirus OsHV-1 µVar that creates an oyster immunocompromised state and evolves towards a secondary fatal bacteremia. Results In the present article, we describe the implementation of an unprecedented combination of metabarcoding and metatranscriptomic approaches to show that the sequence of events in POMS pathogenesis is conserved across infectious environments. We also identified a core bacterial consortium which, together with OsHV-1 µVar, forms the POMS pathobiota. This bacterial consortium is characterized by high transcriptional activities and complementary metabolic functions to exploit host's resources. A significant metabolic specificity was highlighted at the bacterial genus level, suggesting low competition for nutrients between members of the core bacteria. Conclusions Lack of metabolic competition between the core bacteria might favor complementary colonization of host tissues and contribute to the conservation of the POMS pathobiota across distinct infectious environments.