Upaya Identifikasi Molekuler Ambergris Dari Perairan Cilacap, Jawa Tengah, Indonesia - FATHURAHMAN, Fabian Rizky (2025)
Ambergris merupakan substansi langka yang terbentuk dalam sistem pencernaan Paus Spermaseti (Physeter macrocephalus L.), Paus Spermaseti Kerdil (Kogia breviceps), dan Paus Spermaseti Cebol (Kogia sima). Material ambergris yang setelah mengapung di laut dalam waktu lama berpotensi sebagai sampel untuk analisis DNA purba (ancient DNA/aDNA). Penelitian ini bertujuan untuk menentukan protokol isolasi dan amplifikasi DNA dari sampel ambergris yang telah terdegradasi akibat paparan lingkungan laut, serta mengevaluasi efektivitas marka gen mitokondria Cytochrome c oxidase subunit I (COI) dan Cytochrome b (CytB) dalam proses identifikasi molekuler spesies Paus penghasil ambergris. Sampel ambergris (CLP-01 dan CLP-02) yang ditemukan di perairan Cilacap, Jawa Tengah, dianalisis menggunakan empat metode isolasi DNA: Chelex 100® 5%, fenol-kloroform, kit komersial berbasis kolom silika, dan teknik boil-preparation. Kuantitas DNA diukur menggunakan spektrofotometri UV-Vis Nanodrop, sedangkan amplifikasi gen COI dan CytB dilakukan melalui PCR dengan beberapa optimasi kondisi, termasuk penambahan BSA 1% dan DMSO 1-5% untuk meminimalkan efek dari senyawa inhibitor pada PCR dan amplifikasi menggunakan Phusion (Pfu) DNA Polymerase. Hasil isolasi DNA menunjukkan bahwa hanya metode Chelex® 5% yang berhasil mengisolasi DNA dari salah satu sampel, yakni CLP-01 dengan konsentrasi 181 ng/µL, meskipun menunjukkan indikasi kontaminasi protein dan kemungkinan terbentuknya senyawa Maillard. Hasil seluruh optimasi PCR tidak berhasil menghasilkan amplikon spesifik baik untuk marka gen COI maupun CytB, mengindikasikan adanya degradasi materi genetik serta perubahan struktur materi genetik pada sampel sehingga menghambat proses amplifikasi. Selain itu, analisis terhadap salah satu sampel, CLP-02, menunjukkan karakteristik yang tidak sesuai dengan ambergris asli, melainkan lebih menyerupai spermaceti wax atau residu minyak sawit (palm oil residue), sehingga tidak mengandung DNA spesies paus penghasil yang dapat dianalisis lebih lanjut. ...