Tunturimaan bakteerien lipidimarkkerit

• Main Author: Eilola, Johanna
• Other Authors: Jyväskylän ammattikorkeakoulu
• Format: Bachelor Thesis
• Language: Finnish
• Published: Jyväskylän ammattikorkeakoulu 2011
• Subjects: bakteerit; mikrobit; maaperä; markkerit; vertailu; PLFA; kaasukromatografia; fosfolipidi; FAME; lipidiuutto; fi=Laboratorioala|sv=Laboratoriebranschen|en=Laboratory Services|; Laboratorioalan koulutusohjelma; Arktis*
• Online Access: http://www.theseus.fi/handle/10024/31714

Fosfolipidirasvahappomenetelmää (PLFA) käytetään yleisesti analysoitaessa mm. maaperän mikrobiyhteisöjä. Sillä etsitään markkereita ilmaisemaan tiettyjä lajeja ja ryhmiä tai sitä voidaan käyttää sormenjälkenä vertailtaessa mikrobiyhteisöjen koostumusta. Tutkimuksessa analysoitiin tunturimaassa yleisesti esiintyvien bakteerilajien PLFA-koostumusta. Analyysit tehtiin ARMI-kantakokoelman (Arktisten mikrobien kantakokoelma) kannoista Rhodanobacter sp. A1T6, Pseudomonas sp. S3B2, Pedobacter sp. K2C9, Mucilaginibacter frigoritolerans FT22, Janthinobacter sp. K2Li3, Burkholderia sp. R5E1, Sphingomonas sp. R5TW3 ja Terriglobus saanensi SP1PR4. Tutkimuksen tulokset auttavat tulkitsemaan maanäytteiden PLFA-profiileja. Työn tavoitteena oli myös tutkia lämpötilan vaikutusta bakteerien lipidirakenteisiin. Fosfolipidien rasvahapot uutettiin + 4 °C:ssa ja + 20 °C:ssa kasvatetuista soluista. Tunturimaassa maaperän lämpötila on harvoin 20 °C tai yli ja mikrobien tiedetään muuttavan rasvahappokoostumusta lämpötilan vaikutuksesta. Näytteet metyloitiin ja analysoitiin kaasukromatografilla. Tuloksia verrattiin kokosolun rasvahappo (FAME) menetelmällä tehtyihin rasvahappoprofiileihin ja kolmesta kannasta tehtyyn seokseen. Vertailemalla kantojen PLFA ja FAME profiileja huomattiin, että osa kannoista (SP1PR4) voi uuttua hyvin samankaltaisesti molemmilla menetelmillä, kun taas joissakin voi olla suurempia eroja (FT22). FT22 kannan tulosten perusteella voitiin päätellä, että OH-ryhmät eivät sijaitse fosfolipideissä. Kolmen kannan seoksen perusteella voitiin todeta, että rasvahapot uuttuivat kustakin kannasta samassa suhteessa ja PLFA seos kuvasi hyvin seoksen bakteereja ja niiden suhteellista määrää. Eli rasvahapot uuttuvat samalla tavoin seoksena ja yksin. Lämpötilan nostaminen aiheutti muutoksia rasvahappojen tyydyttyneisyydessä, haaraketjuisten rasvahappojen osuudessa sekä bakteerien syklopropaanirasvahappojen kasvussa, mikä voi ilmaista joissakin bakteereissa esimerkiksi stressioireita. Phospholipid fatty acid (PLFA) method is ...