Высокопроизводительный виртуальный скрининг в Enterprise Desktop GRID на базе BOINC

• Main Authors: Ивашко, Е. Е., Никитина, Н. Н., Меллер, С.
• Format: Article in Journal/Newspaper
• Language: unknown
• Published: Издательский центр ЮУрГУ 2015
• Subjects: УДК 004.75; Desktop Grid; Enterprise Desktop Grid; распределенные вычисления; виртуальный скрининг; distributed computing; virtual screening; ГРНТИ 50.39; Beck; karelia*; karelian
• Online Access: http://dspace.susu.ac.ru/xmlui/handle/0001.74/6484

Ивашко Евгений Евгеньевич, к.ф.-м.н., научный сотрудник Лаборатории телекоммуникационных систем, Институт прикладных математических исследований Карельского научного центра РАН (Петрозаводск, Российская Федерация), [e-mail]. Никитина Наталия Николаевна, стажер-исследователь Лаборатории информационных компьютерных технологий, Институт прикладных математических исследований Карельского научного центра РАН (Петрозаводск, Российская Федерация), [e-mail]. Dr. Steffen Moller, PhD, research associate of the University of Lu¨beck, The Lu¨beck Institute of Experimental Dermatology (Lu¨beck, Germany), [e-mail]. E.E. Ivashko, Institute of Applied Mathematical Research of the Karelian Research Centre of the Russian Academy of Sciences (Petrozavodsk, Russia) [e-mail], NN. Nikitina, Institute of Applied Mathematical Research of the Karelian Research Centre of the Russian Academy of Sciences (Petrozavodsk, Russia) [e-mail], S. Moller, University of Lu¨beck, The Lu¨beck Institute of Experimental Dermatology (Lu¨beck, Germany) [e-mail] В работе представлен опыт разработки и использования распределенной вычислительной инфраструктуры Enterprise Desktop Grid на базе программной платформы BOINC для проведения виртуального скрининга с использованием свободно распространяемого программного обеспечения и открытых баз данных моделей химических соединений. Согласно концепции Enterprise Desktop Grid, в рамках виртуальной единой вычислительной сети объединяются неспециализированные вычислители, принадлежащие одной организации или группе пользователей, напрямую заинтересованных в решении прикладной задачи. В работе приводится описание и оценка производительности Enterprise Desktop Grid, созданной в рамках совместного научно-исследовательского проекта Института экспериментальной дерматологии при университете г. Любек (Германия) и Института прикладных математических исследований Карельского научного центра РАН. Приведены выводы о применимости подхода, а ...