Diversität Nitrit oxidierender Bakterien in Böden des nordsibirischen Permafrostes und Sedimenten der Laptev-See
Im Rahmen dieser Arbeit wurde die Diversität chemolithoautotropher Nitrit oxidierender Bakterien (NOB) in permafrostbeeinflussten terrestrischen, limnischen und marinen Habitaten Nordsibiriens untersucht. Bisher waren keine Daten von psychrophilen oder psychrotoleranten Nitrit oxidierenden Bakterien...
Published in: | The ISME Journal |
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Staats- und Universitätsbibliothek Hamburg Carl von Ossietzky
2007
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ftsubhamburg:oai:ediss.sub.uni-hamburg.de:ediss/1868 2023-05-15T14:25:20+02:00 Diversität Nitrit oxidierender Bakterien in Böden des nordsibirischen Permafrostes und Sedimenten der Laptev-See Alawi, Mashal Spieck, Eva (PD Dr.) 2007-01-01 http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:gbv:18-34385 https://ediss.sub.uni-hamburg.de/handle/ediss/1868 ger ger Staats- und Universitätsbibliothek Hamburg Carl von Ossietzky Alawi, M., Lipski, A., Sanders, T., Pfeiffer, E.M. & Spieck, E. 2007. Cultivation of a novel cold-adapted nitrite oxidizing betaproteobacterium from the Siberian Arctic. The ISME Journal 1: 256-264; doi:10.1038/ismej.2007.34 http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:gbv:18-34385 https://ediss.sub.uni-hamburg.de/handle/ediss/1868 http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 info:eu-repo/semantics/openAccess No license Nitrotoga arctica Nitritoxidation kältetolerant psychrophil Nitrit oxidierende Bakterien 570 Biowissenschaften Biologie 42.30 Mikrobiologie Nitrifikation Dauerfrostboden Nitrospira Nitrobacter Bodenmikrobiologie ddc:570 doctoralThesis doc-type:doctoralThesis 2007 ftsubhamburg 2022-11-09T07:10:10Z Im Rahmen dieser Arbeit wurde die Diversität chemolithoautotropher Nitrit oxidierender Bakterien (NOB) in permafrostbeeinflussten terrestrischen, limnischen und marinen Habitaten Nordsibiriens untersucht. Bisher waren keine Daten von psychrophilen oder psychrotoleranten Nitrit oxidierenden Bakterien bekannt. Die durchgeführten Untersuchungen zeigten erstmals die hohe Diversität und Anpassungsfähigkeit von Nitrit oxidierenden Bakterien an niedrige Temperaturen auf. Zu den Probenahmeorten zählten Tundrenböden von Samoylov, Kurungnakh, Mamontovy Klyk sowie Sedimente der Lena und der angrenzenden Laptev-See. Die Bakterien konnten durch Verwendung selektiver Mineralmedien angereichert und teilweise physiologisch charakterisiert werden. Um die Taxonomie der NOB in Naturproben und Kulturen aufzuklären, wurden molekularbiologische Techniken eingesetzt. Die Temperatur Gradienten Gelelektrophorese (TGGE) ermöglichte zudem eine frühzeitige Optimierung des Anreicherungsprozesses. Die Polymerasekettenreaktion (PCR) und TGGE wurden für die 16S rRNA Analyse von NOB-Populationen in Umweltproben und Kulturen erfolgreich angepasst. Für die einzelnen Gattungen der NOB wurden spezifische und semi-spezifische Primersets abgeleitet. Für die Gattung Nitrobacter konnte durch Modifikation bekannter Sonden und Primer die Amplifikation mittels PCR verbessert werden. Für die Gattung Nitrospira wurden sechs neue Primer entwickelt, so dass eine zuverlässige DNA-Amplifikation aus Naturproben möglich war. Die neuen Primer eigneten sich für die spezifische Amplifikation des 16S rRNA Gens einzelner Subgruppen der Gattung. Für die wenig untersuchten Gattungen Nitrococcus und Nitrospina wurden ebenfalls Primer neu konstruiert und eingesetzt. In den Auftauzonen der nordsibirischen Tundrenböden wurde eine hohe Diversität von NOB vorgefunden. Erstmals konnten kältetolerante NOB kultiviert werden. Die Bakterien zeigten optimale Anpassungen hinsichtlich der niedrigen in-situ Temperatur und Substratverfügbarkeit. Anhand von Kultivierungsversuchen bei ... Doctoral or Postdoctoral Thesis Arctic laptev ediss.sub.hamburg (Staats- und Universitätsbibliothek Hamburg, Carl von Ossietzky) The ISME Journal 1 3 256 264 |
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Im Rahmen dieser Arbeit wurde die Diversität chemolithoautotropher Nitrit oxidierender Bakterien (NOB) in permafrostbeeinflussten terrestrischen, limnischen und marinen Habitaten Nordsibiriens untersucht. Bisher waren keine Daten von psychrophilen oder psychrotoleranten Nitrit oxidierenden Bakterien bekannt. Die durchgeführten Untersuchungen zeigten erstmals die hohe Diversität und Anpassungsfähigkeit von Nitrit oxidierenden Bakterien an niedrige Temperaturen auf. Zu den Probenahmeorten zählten Tundrenböden von Samoylov, Kurungnakh, Mamontovy Klyk sowie Sedimente der Lena und der angrenzenden Laptev-See. Die Bakterien konnten durch Verwendung selektiver Mineralmedien angereichert und teilweise physiologisch charakterisiert werden. Um die Taxonomie der NOB in Naturproben und Kulturen aufzuklären, wurden molekularbiologische Techniken eingesetzt. Die Temperatur Gradienten Gelelektrophorese (TGGE) ermöglichte zudem eine frühzeitige Optimierung des Anreicherungsprozesses. Die Polymerasekettenreaktion (PCR) und TGGE wurden für die 16S rRNA Analyse von NOB-Populationen in Umweltproben und Kulturen erfolgreich angepasst. Für die einzelnen Gattungen der NOB wurden spezifische und semi-spezifische Primersets abgeleitet. Für die Gattung Nitrobacter konnte durch Modifikation bekannter Sonden und Primer die Amplifikation mittels PCR verbessert werden. Für die Gattung Nitrospira wurden sechs neue Primer entwickelt, so dass eine zuverlässige DNA-Amplifikation aus Naturproben möglich war. Die neuen Primer eigneten sich für die spezifische Amplifikation des 16S rRNA Gens einzelner Subgruppen der Gattung. Für die wenig untersuchten Gattungen Nitrococcus und Nitrospina wurden ebenfalls Primer neu konstruiert und eingesetzt. In den Auftauzonen der nordsibirischen Tundrenböden wurde eine hohe Diversität von NOB vorgefunden. Erstmals konnten kältetolerante NOB kultiviert werden. Die Bakterien zeigten optimale Anpassungen hinsichtlich der niedrigen in-situ Temperatur und Substratverfügbarkeit. Anhand von Kultivierungsversuchen bei ... |
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