Vers une meilleure compréhension de la biodiversité multi-trophique du sol grâce à l'utilisation du métabarcodage de l'ADN environnemental

• Main Author: Calderon Sanou, Irene
• Other Authors: Université Grenoble Alpes, Thuiller, Wilfried
• Format: Thesis
• Language: English
• Published: 2022
• Subjects: Patrons de biodiversité; ADN environnemental; Metabarcoding; Réseaux d'interaction; Biodiversity patterns; Environmental DNA; Food web; 570; Nord de la Norvège; subarctique*
• Online Access: http://www.theses.fr/2022GRALV039/document

Bien que les organismes du sol représentent un quart de la biodiversité totale de la planète, notre compréhension actuelle des principaux moteurs de la biodiversité du sol le long des gradients environnementaux est principalement limitée à un ensemble restreint de macro-organismes de surface. À la lumière des menaces mondiales croissantes qui pèsent sur les écosystèmes, l'inclusion des organismes du sol dans les études macroécologiques est cruciale pour améliorer les prévisions des réponses écologiques des écosystèmes terrestres aux changements globaux et pour soutenir leur conservation. En outre, les approches multitrophiques qui tiennent compte de plusieurs groupes d'organismes en interaction dans l'écosystème permettent une compréhension plus holistique de la biodiversité du sol et de ses moteurs.Dans ma thèse, j'ai cherché à mieux comprendre la réponse de la diversité multitrophique du sol aux changements environnementaux rapides à l'échelle régionale et locale, en combinant les données de métabarcodage de l'ADN environnemental du sol, les outils mathématiques et statistiques dérivés de la théorie des réseaux et l'écologie des réseaux alimentaires.La thèse est développée en quatre chapitres. Tout d'abord, parce que la plupart des analyses sont basées sur des données de métabarcodage de l'ADN environnemental, j'ai eu besoin de mieux comprendre les incertitudes associées à l'utilisation du métabarcodage de l'ADN environnemental dans les analyses empiriques. Dans le premier chapitre, j'ai montré que l'utilisation de la diversité de Shannon permettait d'obtenir des résultats plus fiables dans différentes analyses écologiques. J'ai ensuite proposé une feuille de route des étapes cruciales à inclure dans le nettoyage des données pour différents types d'analyses écologiques. Ensuite, à l'aide de données d'ADN environnemental du sol provenant de forêts de bouleaux subarctiques du nord de la Norvège, j'ai montré que l'effet des épidémies de papillons s'est propagé localement des communautés végétales à l'ensemble du ...